8 декабря 2012 г. началось перезахоронение во Флоровском монастыре останков, извлечённых во время археологической экспедиции 2005–2007 гг. Института археологии НАН на территории бывшего рядом с Киево-Печерской лаврой Вознесенского женского монастыря. Перезахоронение совершено по благословению митрополита Киевского и всея Украины Владимира (Сабодана) и игуменьи Антонии (Филькиной). После выхода декрета «Об отделения церкви от государства и школы от церкви» (1918 г.), реализация которого на Украине началась в 1919 г., чиновники совместно с представителями монастыря составили инвентарные описи имущества. За этим последовало изъятие ценностей и отчуждение недвижимой собственности. Среди утрат этих лет – чудотворная Рудненская икона Божьей Матери, оправленная в драгоценную ризу из красного жемчуга. Чудотворения от иконы зафиксированы в местечке Рудня близ Чернигова, откуда икона была перенесена в Печерскую Вознесенскую обитель, а затем – в Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь. Снимок чудотворного образа сохранился благодаря публикации в конце ХIX в. Имелись списки иконы. Серебряный позолоченный оклад одного из таких списков хранится в Национальном художественном музее Украины. На нём выгравирована характерная для копий надпись: «Подобие Чудотворныя иконы Пр(есвя)тыя Б(огороди)цы Рудневския» (Националльный художественный музей Украины). В январе 1923 г. монастырские храмы были переданы сторонникам «Живой церкви», однако воспользоваться полученными правами те не успели. Трапезная вскоре была отдана в пользование фабрике грампластинок. Вознесенская церковь постановлением секретариата ВУЦИК в 1931 г. закрыта «пiд клюб» завода «Ленинская кузница» (Государственный архив города Киева). В середине 1920 гг. на территории обители основали «Городок металлистов» с расселением в кельях рабочих с семьями и закреплением в 1926 г. арендных прав за жилищным кооперативом. Богослужения «старославянской» общины продолжались только в Казанской церкви. Кладбищенская Троицкая церковь была закрыта в 1927 г. (разобрана в 1938 г.). Монахини по примеру братии Печерской лавры зарегистрировались как члены ремесленной и сельскохозяйственной трудовых общин. Занимались преимущественно шитьём одежды, обуви, изготовлением одеял, сезонными сельскохозяйственными работами. Сфабрикованное в 1929 г. против монашествующих Киево-Печерской лавры и Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря уголовное дело (так называемое дело Чехуна), обвиняемых в бытовом убийстве, по которому проходили лаврский монах Евладий (Чехун) и представительница Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря Любовь (Воронкова), послужило поводом для закрытия обителей. Началось выселение сестёр из «жилкоопа». Однако ещё несколько лет после этого сёстры собирались на богослужения в Казанском храме, который стал приходским, закрылся последним из монастырских церквей. В 1934 г., согласно решению Киевского горсовета, его отдали Ленкузне под культурно-просветительное учреждение. В дальнейшем арендаторы монастыря менялись. В южной части монастырского подворья, центром которого является Казанская церковь, возвели ряд сооружений, нарушивших композицию архитектурного ансамбля. В 1934 г. горсовет дал разрешение на строительство там цехов протезного завода (Государственный архив Киева). К середине 1930 гг. монахини были выселены с территории обители. Часть оставшихся в Киеве сестёр рискнула вернуться в Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь в 1941 г., в период оккупации города немецко-фашистскими войсками. В это сложное время общину возглавила монахиня Флавия (Тищенко). После освобождения Киева в ноябре 1943 г. сёстры не ушли из монастыря, и он больше уже не закрывался, хотя такие планы существовали в 1950–1960 гг.