Между Вознесенской и Казанской церквами был разбит сквер. Кроме главного престола в церкви были освящены перенесённые из трапезной церкви престолы апостола Иоанна Богослова (северный) и св. мучеников Флора и Лавра (южный). В предалтарной части с правой стороны находилась монастырская ризница. Единственный купол Казанского храма размещён над его восточной частью. В 1906 г. епархиальный архитектор Евгений Фёдорович Ермаков составил проект замены деревянного купола железным и смету расходов на проведение этих работ. Обновлённый верх церкви был выкрашен медянкой и декорирован золочёными звёздами. В позднеклассицистических формах архитектором П.И. Спарро был сооружён корпус №7 (1847 г.), каменная ограда на Флоровской горе (конец 1840  начало 1850 гг.) и корпус №10 (1856–1859 гг.). В 1860–1862 гг. П.И. Спарро построил по проекту инженера Н. Духонина звонницу и трапезную Воскресенской церкви. Ряд памятников гражданской архитектуры на территории монастыря, появился благодаря пожертвованиям вдов, которые желали провести остаток дней в монастыре, не принимая пострига: дома капитанши Н.А. Аммосовой в юго-западной части обители (каменный, одноэтажный, спроектированный А.И. Меленским); купчихи М.К. Ерофеевой (деревянный флигель, построенный в конце ХIX в., позднее обложенный кирпичом); генеральши А.А. Ротт, которая провела в монастырском корпусе последние пять лет жизни (1883–1888 гг.) и внесла 7 тыс. руб. серебром на строительство двухэтажного кирпичного здания (28 келий), поныне называемого «домом генеральши Ротт» (корпус №4, архитектор Владимир Николаевич Николаев). В.Н. Николаев построил также больничную Михайловскую церковь (1895–1897 гг.) с двухъярусной звонницей (1901 г.), Е.Ф. Ермаков – келейный корпус №2 (1902 г.). В результате в ансамбле Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря отразилась смена архитектурных стилей – от барокко до модерна. К началу ХХ в. он включал больше сорока жилых корпусов (каменных и деревянных), надвратную колокольню и пять церквей с 12 престолами. В застройке исторического ядра сохранялась преемственность: новые каменные сооружения возводились на месте предшествовавших деревянных ХVII–ХVIII вв. и повторяли их функциональное назначение. В советский период благодаря включению в 1960 гг. ряда построек в реестр охраняемых государством памятников архитектуры центр монастырского ансамбля с тремя церквами и колокольней, а также северная часть с жилыми помещениями (памятниками гражданской архитектуры ХIX – начала ХХ вв.) сохранились достаточно хорошо. В преддверии празднования 1000-летия Крещения Руси в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре были проведены ремонтно-реставрационные работы Научно-исследовательским институтом «Укрпроектреставрация». Однако наружный вид Вознесенской церкви и колокольни искажены разрушением подлинных завершений (кресты были сняты ещё в 1930 гг.) и вынужденной заменой куполов в 1945–1946 гг. шлемовидными, упрощёнными в сравнении с барочными. Изменение облика доминирующих сооружений, по мнению исследователей, сказалось на ансамбле в целом. Наиболее пострадала южная часть монастыря. Значительные усилия потребовались для восстановления Казанской церкви, которая не включалась в реестр памятников архитектуры, долгое время использовалась не по назначению и была возвращена монастырю только в 1990 г. Кладбищенский комплекс почти полностью утрачен в советский период. К началу ХХ в. в ограде Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря погосты располагались у каждого из пяти монастырских храмов.