Серьёзными проблемами, требовавшими решения со стороны короля, были отсутствие общей стратегии и соперничество между командующими королевской армией, которое мешало координации действий роялистских подразделений. Карл I всегда возглавлял заседания военного совета в Оксфорде и принимал участие в боях, но командование доверял опытным военачальникам. Тем не менее, добиться единства действий ему не удалось: в 1645 г. он разделил командование между Оксфордом, где остался он сам, и Бристолем, куда отправились принц Уэльский (будущий король Англии Карл II) и его советники. Игнорирование военачальниками решений военного совета приобретало систематический характер, а взаимодействие с роялистскими силами в Ирландии и Шотландии ослабевало. В 1644–1645 гг. парламентские войска были преобразованы в армию нового типа, построенную на жёсткой дисциплине, координации действий и религиозном единстве. После смерти графа Эссекса в 1643 г. командование перешло к более решительным и инициативным военачальникам – Томасу Ферфаксу и Оливеру Кромвелю. Переговоры, которые шли в Оксфорде в январе-марте 1643 г. и в Аксбридже в январе-марте 1645 г., не дали результатов, они служили, скорее, предлогом для передышки обеих армий, намеревавшихся сражаться до победного конца. В основе требований парламента лежали «Девятнадцать предложений» – документ, который был опубликован ещё в июне 1642 г. и предусматривал упразднение епископата, отмену «Книги общих молитв» и установление контроля за назначениями должностных лиц королём. Карл I настаивал на возвращении к политическому устройству 1641 г. и был готов отказаться только от реформ архиепископа У. Лода. 14 июня 1645 г. при Нейзби королевская армия потерпела поражение. Парламент опубликовал захваченные королевские письма, в которых Карл I обещал значительные уступки ирландским католикам в обмен на помощь в гражданской войне против своих протестантских подданных. Позиции сторонников короны ослабило и бегство наследника престола во Францию в 1646 г. После череды поражений в мае 1646 г. Карл I сдался шотландской армии в Ньюарке. В начале 1647 г. шотландцы передали его английскому парламенту за выкуп в 800 тыс. фунтов. К этому времени в Англии сформировалась новая политическая сила – армия, отличавшаяся от парламента ещё более радикальными настроениями как в области религии, так и в политике. С 1645 по 1648 гг. образовалось большое количество протестантских сект, появились так называемые агитаторы, призывавшие солдат бороться за более справедливое общественное устройство, распространялись республиканские идеи, требования всеобщего избирательного права (левеллеры) и социального и имущественного уравнения (диггеры). Решения парламента определяли индепенденты – кальвинисты более радикального толка, чем пресвитериане, ратовавшие за уничтожение не только церковной иерархии, но и вообще какой-либо организации (по их представлениям, все члены общины могли проповедовать и пользоваться одинаковым авторитетом в противовес сохранявшемуся у пресвитериан понятию священства).