Во время мятежа в Шотландии и Ирландии конфликт между королём и парламентом превратился в гражданское противостояние. На улицах Лондона начались волнения и массовые акции в поддержку парламента с требованием упразднения епископата, в чём английские пресвитериане были солидарны с шотландскими ковенантерами. В начале 1641 г. были поданы петиция, посвящённая вопросу о епископате, и билль «О корнях и ветвях» («Root and Branch»), в них были сформулированы требования упразднить епископат в Англии. Карл I категорически отказался выполнить эти требования в Англии; в Шотландии, на которую его власть уже не распространялась, епископат упразднили по условиям перемирия августа 1641 г. В парламенте часть умеренных критиков политики короля, например, такие впоследствии известные роялисты, как Эдуард Хайд, Лусьюс Кэри, виконт Фолкленд, и Джон Колпепер, отвергли радикальные требования церковного переустройства. В ноябре 1641 г. парламент принял «Великую ремонстрацию» («Grand Remonstrance»), которая предусматривала контроль парламента над назначением должностных лиц королём и призывала к созыву ассамблеи богословов для решения вопроса о церковном устройстве. В этом же документе перечислялись многочисленные злоупотребления королевской власти. Карл I отверг оба документа, но они, тем не менее, были опубликованы по распоряжению парламента. С этого момента начался постепенный процесс «присвоения» Долгим парламентом функций, которые традиционно являлись королевскими прерогативами (уже в декабре 1641 г. парламент потребовал предоставить ему право на назначение королевских министров и высшего военного руководства). В начале января 1642 г. по обвинению в государственной измене король попытался арестовать лидеров наиболее активной части парламента – пятерых членов палаты общин и одного члена палаты лордов. Обвиняемые успели скрыться, а легитимность действий короля, лично вошедшего в здание палаты общин в Вестминстере во главе вооружённого отряда, была поставлена под сомнение. Последовавшая за этим волна выступлений в поддержку осуждённых вынудила Карла I, опасавшегося за безопасность своей семьи (особенно за королеву Генриетту Марию, которую парламентская пропаганда называла «папистской шпионкой»), 10 января покинуть Лондон. С этого момента, несмотря на постоянно шедшие переговоры, фактически началась подготовка к войне. Парламент принял без одобрения короля «Закон об ополчении» на основе соответствующего билля («Militia Bill»), который дал возможность собрать армию. В течение весны и лета 1642 г. обе стороны боролись за поддержку населения, проводили кампании по сбору денег и установлению контроля за складами оружия. 22 августа 1642 г. в Ноттингеме был поднят королевский штандарт – Карл I К. объявил войну «мятежным лордам в парламенте», в том числе Роберту Деверё, графу Эссексу, ставшему главнокомандующим парламентских войск. Ему удалось собрать армию в 20 тыс. человек. Поскольку арсеналы оказались, в основном, под контролем парламента, оружие и боеприпасы поставлялись роялистской армии на кораблях, снаряжённых королевой Генриеттой Марией, бежавшей из Англии ещё в феврале 1642 г. Штаб-квартирой короля стал Оксфорд; там Карл I проводил большую часть времени, туда же переместились двор и ряд государственных учреждений.