Церковная политика Карла I традиционно связывается с именем архиепископа Кентерберийского Уильяма Лода, который входил в круг приближённых Карла I. Протеже герцога Бакингема, У. Лод быстро сделал блестящую духовную карьеру: в 1626 г. он стал деканом Королевской капеллы, епископом Лондонским в 1628 г. и архиепископом Кентерберийским в 1633 г. Основными направлениями церковной политики были: повышение влияния церкви в обществе, проведение унификации англиканской доктрины в соответствии с арминианскими убеждениями королевского двора и борьба с «инакомыслием», прежде всего, с пуританством. Архиепископ У. Лод пытался унифицировать литургию, сохранив ряд элементов, перешедших в англиканство из католицизма, в частности, наличие алтарной преграды и нахождение алтаря в восточной части церкви, вызывавшие острое неприятие пресвитериан. Он старался повысить материальное благосостояние священнослужителей и увеличить церковную казну за счёт частичного пересмотра результатов конфискации церковных земель и расширения юрисдикции церковных судов. В борьбе с оппонентами особо жёсткие меры принимались против проповедников, призывавших к ликвидации епископата, переходу к пресвитерианским принципам церковного управления и к отказу от беспрекословного следования «Книге общих молитв». Теологические дебаты в печати не поощрялись, предусматривались наказания для издателей «неблагонадёжных» религиозных памфлетов и проповедей. Наказанию подвергались и те, кто отвергали изданную в 1617 г. так называемую Книгу развлечений (Book of Sports), в которой запрещалось пуританское соблюдение «субботы» и был опубликован список развлечений, разрешённых в воскресные дни. Позиция церкви по отношению к католикам была в целом более мягкой. Тем не менее, штрафы против «рекузантов», которые отказывались приносить присягу на верность королю, возросли в 1630 гг.; король крайне негативно воспринимал переход своих приближённых в католическую веру. Попытки распространить эти церковные реформы, в особенности «Книгу общих молитв» и принципы епископального управления в церкви, на другие королевства, в частности, Шотландию, вызвали политический кризис 1637 г. и конец мирного периода царствования Карла I. Попытки Стюартов инкорпорировать шотландскую пресвитерианскую церковь в общегосударственную, т.е. закрепить в Шотландии англиканские порядки, встречали сопротивление верующих. Принятые в царствование Якова I «Пертские статьи» («Five Articles of Perth») обязывали верующих совершать коленопреклонение во время причастия, креститься и исповедоваться, отмечать Рождество и Пасху, епископа – проводить конфирмацию. Они противоречили догматам пресвитерианства, но, тем не менее, были ратифицированы шотландским парламентом в 1621 г. Карл I стал первым шотландским королём, не проживавшим постоянно в стране. Покинув Шотландию в раннем детстве, он вернулся туда лишь летом 1633 г. (к этой поездке была приурочена шотландская коронация Карла I 8 июня). Если Яков I пытался ввести новые порядки, действуя через традиционные органы управления Шотландией (парламент и Генеральную ассамблею – высший орган церковного управления), то Карл I проводил все нововведения напрямую и не учитывал национальных политических и религиозных реалий.