Географы X–XIII вв. писали, что местные жители заняты добычей жемчуга и пиратством. Редкие прибрежные поселения не представляли собой единого государственного образования. В 1320 г. Катар и соседние территории были захвачены шейхом Ормуза. В конце XV в. в Индийском океане появились португальцы. Укрепившись в Ормузе (1515 г.) и ряде других пунктов, они поставили под свой контроль акваторию Персидского залива, обложили данью торговлю и добычу жемчуга. Местные мусульманские правители искали поддержки у Османской империи. В середине XVI в. османы распространили свою власть на Южный Ирак, а впоследствии на восточное побережье Аравии, где был образован эялет Эль-Хаса, в который номинально входил и Катар. В течение следующих трёх столетий господство над Персидским заливом оспаривали друг у друга португальцы, голландцы, англичане, а также правители Сефевидского Ирана и Османской империи. Катар оставался на периферии их военно-политических интересов, равно как и в стороне от основных торговых путей между Маскатом, Ормузом и Басрой. Даже на европейских картах вплоть до начала XIX в. полуостров Катар изображался искажённо, как небольшой выступ на аравийском побережье. В 1766 г. на полуостров мигрировали из Кувейта бедуины клана аль-Халифа племени Утуб. Они заняли западное побережье Катара с центром в Эз-Зубаре. Чуть позже на полуострове появился соперничавший с ними клан Джалахима того же племени. Клан закрепился на северной оконечности Катара, в Эр-Рувайсе, который стал одним из главных очагов пиратства в Персидском заливе. После занятия Басры персами в 1771 г. Эз-Зубара на недолгое время стала коммерческим центром региона. В 1777–1783 гг. персы предпринимали неудачные попытки овладеть Катаром. В 1783 г. бедуины Утуб нанесли ответный удар и захватили Бахрейн, куда и переместился центр владений аль-Халифа. В Катаре ведущую роль стал играть клан Джалахима под предводительством Рахмы бен Джабера. В 1809 г. он заключил союз с ваххабитами Неджда, которые вскоре распространили свою гегемонию на всю Восточную Аравию. В 1811 г. султан Маската при поддержке англичан разрушил Эз-Зубару и выбил ваххабитов из Катара и Бахрейна; Рахма отступил в Эль-Хасу, бедуины аль-Халифа вернулись к власти. Война на суше и на море между кланами аль-Халифа и Джалахима продолжалась многие годы. Шейхи аль-Халифа, находившиеся на Бахрейне, претендовали на сюзеренитет над Катаром. Местные правители выплачивали Бахрейну нерегулярную дань, но в остальном, в частности, в пиратском промысле, были самостоятельными. История Катара складывалась весьма драматично, она изобиловала междоусобными войнами и переселениями значительных племенных групп и жителей местных городов-государств в ходе военных конфликтов и кочевых миграций. В 1821 и 1841 гг. Доха, главный порт полуострова, в наказание за пиратство местных жителей подвергалась бомбардировкам британских кораблей.