Многие исследователи считали, что кафедра Карпасийского и Фамагустского епископа была возвращена в Фамагусту после турецкого завоевания острова (Дж. Хакетт, Дж. Хилл, Ф. Георгиу), но из документов исследователи сделали вывод, что это произошло ещё во второй половине XV в. В условиях сдачи Фамагусты генуэзцами королю Жаку II Лузиньяну (1464 г.) упоминаются латинские и православные епископы этого города. Присутствие православных епископов в Никосии, Фамагусте, Пафосе и Лимасоле зафиксировано путешественником М. Баумгартеном (1508 г.), генеральными проведиторами Кипра Ф. Аттаром (1540 г.) и Б. Сагредо (1562 г.). Х.Н. Таусианис предполагал, что возвращение греческих епископов в крупные города произошло благодаря жене Жана II Лузиньяна Елене Палеологине (1441–1458 гг.), покровительствовавшей православным. Попытка восстановления Карпасийской епископии была предпринята после османского завоевания Кипра (1570–1571 гг.). Карпасийская епископия упомянута в «Записке», переданной в 1600 г. Кипрским архиепископом Вениамином агенту Савойского герцога Карла Эммануила I. Попытка возрождения самостоятельной Карпасийской епископии не удалась, по экономическим причинам Кипрский архиепископ Никифор (1641–1674 гг.) ограничил число епархий четырьмя, Фамагустская епископия и Карпасийская епископия вошли в состав архиепископского округа. После турецкой оккупации 1974 г. часть греческого населения не покинула свои деревни. На протяжении нескольких десятилетий они оказались в полной изоляции. Так, в 1975 г. на территории Карпасийской епископии насчитывалось 7931 греков, в одном Ризокарпасо проживало 1966 человек. В 1985 г. число греков в селах Карпасии сократилось до 720 человек, кроме того, шесть монахов проживали в монастыре апостола Андрея Первозванного и четыре монахини – в монастыре Георгия Победоносца Саккаса. В настоящее время осталось 590 человек, большинство из которых проживают в Ризокарпасо и Ялусе, а также по несколько человек в селениях Айос-Тирсос, Леонарисо и Айос-Андроникос. Решением Священного Синода Кипрской православной церкви (22 мая 2007 г.) Карпасийская епископия была первоначально восстановлена как хорепископия (с 2010 г. – епископия). Хиротонисанный 3 июня 2007 г. епископ Христофор – один из викариев архиепископа. Перед турецкой оккупацией 1974 г. на территории Карпасийской епископии действовало 48 приходов. В настоящее время пять храмов полуострова Карпасия имеют постоянную паству из числа греков, оставшихся на оккупированной территории в анклавах: церкви преподобной Фотинии Карпасийской в селении Айос-Андроникос, святителя Фирса и Святой Троицы в Ялусе, святителя Синесия и Святой Троицы в Ризокарпасо. Для паломников открыт монастырь апостола Андрея Первозванного, за которым в течение многих лет присматривал священник Захария (Георгиу). В монастыре Георгия Победоносца Саккаса (примерно в 5 км от Ялусы) проживает одни монахиня.