В начале VIII в. Карпасия была разрушена арабами. Новый город с таким же названием был основан на месте современного Ризокарпасо, туда была перенесена и епископия. Карпасийская епископия продолжала существовать на протяжении всего византийского периода. Кафедральным собором Карпасийской епископии являлась церковь святителя Синесия, епископа Карпасийского. Согласно Тактикону императора Льва III Исавра (717–741 гг.), Карпасийская епископия занимала седьмое место среди 14 епископий, подчинённых архиепископу Констанции, согласно десятой нотиции (X в.) – 12-е место. В сочинении «Порядок Патриарших престолов» Нила Доксопатра (середина XII в.) Карпасийская епископия поставлена на последнее место среди 12 епископий. В период правления на Кипре французской династии Лузиньянов (1192–1489 гг.) начались притеснения православной церкви. На Соборе 1222 г. в Фамагусте, постановившем сократить число православных епархий и перенести их кафедры из крупных городов в небольшие, по мнению исследователей, было принято решение о слиянии Карпасийской епископии с Фамагустской епископией, кафедрой которой должен был стать Ризокарпасон (Acta Honorii III, 1216–1227 гг. et Gregorii IX, 1227–1241 гг.). Однако исследователям не ясно, как быстро было реализовано это решение. О перенесении кафедры православного архиерея из Фамагусты снова говорится в 1260 г. в Кипрской булле (Bulla Cypria). В этом документе в числе лиц, сопровождавших в Рим Кипрского архиепископа Германа I Писимандра, назван епископ Иоаким Карпасийский. К. Киррис считал, что Иоаким возглавлял Карпасийскую епископию в её прежних границах, и датировал слияние Карпасийской епископии с Фамагустской епископией 1260 г. По мнению Х.Н. Таусианиса, Иоаким являлся епископом объединённой епископии и именовался Карпасийским по местонахождению кафедры, подобно другому члену свиты – Матфею, епископу Лефкарскому. В соборном акте 1295 г. фигурирует Марин (или Марк), «епископ Карпасийский и церковной общины Фамагусты Констанцийской митрополии и архиепископ Кипрский». По мнению Ж. Даррузеса, подлинность этого документа вызывает сомнения, в частности, последняя часть титула, где Марин (Марк) именуется архиепископом. В письме папы Римского Иоанна XXII (1321 г.) упоминаются два «епископа Карпасии Фамагустского диоцеза»: недавно умерший Иларион и действовавший Лев (Acta Ioannis XXII). Михаил, епископ «Карпасийский и Фамагустский», участвовал в латинском Соборе 1340 г. в Никосии. Сохранилось письмо бывшего византийского императора Иоанна Кантакузина (1369 или  371 г.) Иоанну, «епископу Карпасийскому, проедру Констанции и Фамагусты». По мнению исследователей, он являлся одним лицом с Фамагустским епископом «господином Матзой», который 6 мая 1370 (или 1371) г. участвовал в хиротонии епископа Арсинойского и Пафосского Григория. Архиерейский «Евхологий» (ныне принадлежит Китийской митрополии), написанный в палеологовский период, упоминает «блаженной памяти во епископах Карпасийских господина Макария». По мнению исследователей, речь идёт о Макарии, епископе Фамагустском, о котором говорится в одном из писем Иосифа Вриенния, написанных вскоре после 1406 г.