Заложника выдали, однако король франков двинулся во владения герцога и захватил Капую. Арихис отступил к Салерно и отправил Карлу Великому в качестве заложников своего второго сына, Гримоальда, и 12 знатных лангобардов. Кроме того, герцог принёс присягу на верность франкскому королю и пообещал ежегодно выплачивать дань. Однако едва Карл Великий покинул пределы Италии, Арихис нарушил данные клятвы и заключил союз с Византией. Из Константинополя с войском прибыл Адельгис и направился к Тревизо и Равенне. В августе 787 г. Арихис внезапно скончался, и византийско-беневентский союз рухнул, едва сложившись. Адельгис некоторое время пытался вести военные действия в Северной Италии, объединился с Атабергой, вдовой Арихиса, и совершал грабительские набеги на Папскую область. Папа Адриан I в очередной раз обратился к Карлу Великому за помощью, но король франков не пошёл с войском в Италию (поскольку готовился к войне с Баварией) и отпустил находившегося у него в заложниках Гримоальда (впоследствии он окажет Карлу Великому поддержку в борьбе с Византией и в захвате Истрии). Борьба за лангобардское наследство неизбежно должна была столкнуть Карла Великого с герцогом Баварии – Тассилон III был давним союзником лангобардов и ближайшим родственником Дезидерия. Кампания, которую развернул Карл Великий, не отличалась масштабным характером: король оставил в герцогстве лишь несколько военных отрядов и предпринял активные действия дипломатического характера, результатом которых стала политическая изоляция Тассилона III. В 787 г. герцог был вынужден явиться к королю и присягнуть ему на верность, после чего он получил Баварию назад в качестве бенефиция. Однако жена Тассилона, Лиутберга, дочь Дезидерия, склонила герцога к союзу с аварами, грозившему нарушить политическое равновесие в восточной части королевства франков. В 788 г. на общегосударственном собрании знати в Ингельхайме Тассилон III был обвинён в организации заговора и приговорён к смертной казни, которую потом заменили ссылкой в монастырь Жюмьеж в Нормандии. Та же участь постигла его супругу и детей. Баварское герцогство было разделено на несколько графств и подчинено власти префекта, на эту должность Карл Великий назначил своего двоюродного брата Герольда. Некоторые знатные баварские семьи, оказавшие поддержку Тассилону III, были отправлены в изгнание. Часть пограничных земель, заселённых славянами (Каринтия, Крайна), Карл Великий включил в состав королевства. В 794 г. Тассилона доставили к Карлу Великому на съезд знати во Франкфурте для повторного отречения. Исследователи полагают, что среди баварской аристократии ещё долго сохранялись сепаратистские настроения, представлявшие угрозу господству франков. Долгую, изнурительную и кровавую войну Карл Великий вёл на землях саксов: периодически заканчиваясь и возобновляясь, война продлилась 33 года. В 772 г. Карл Великий впервые вторгся во владения саксов, разрушил крепость Эресбург и разграбил языческие капища, в том числе весьма почитаемое святилище Ирминсул. Спустя три года король вновь напал на саксов. Франки дошли до реки Окер, построили на завоёванных территориях несколько крепостей и оставили там сильные гарнизоны. Однако вскоре саксам удалось захватить Эресбург.