Несмотря на ограничения, наложенные царскими властями, на территории Российской империи в 1828 г. в составе миссий капуцинов находилось 83 человека, в 1839 г. – 77 человек. Во второй половине XIX в. число капуцинов сократилось. За участие капуцинов в Польском восстании 1863 г. российские власти закрыли обители в Дунаевцах, в Куне, в Любешове, в Остроге, во Владимире-Волынском и Устилуге. Двое капуцинов были казнены, 16 членов Ордена отправлены в ссылку. Впоследствии также были закрыты монастыри в Варшаве, Люблине и Закрочиме, которые относились к Польской провинции. Ветвь Ордена капуцинов византийского обряда была создана в Галиции по инициативе Львовского греко-католического митрополита Андрея Шептицкого, поддержанная Римским папой Пием XI (1922–1939 гг.), по указанию которого два голландских члена Ордена были направлены на учёбу в Восточный папский институт. 16 декабря 1931 г. пресвитер капуцинов Гандалф ван Тернёзен перешёл из латинского обряда в византийский и принял имя Кирилл. Вместе с тремя членами Ордена капуцинов при поддержке Пинского епископа Зигмунда Лозиньского он основал первую общину капуцинов византийского обряда в Лубешове. В 1932 г. капуцины византийского обряда открыли школу, а в 1937 г. – новициат. В начале 1930 гг. в Эстонии по приглашению апостольского администратора Эдуарда Профиттлиха капуцины византийского обряда основали миссию в Нарве; они также осуществляли пастырское служение в приходе Тарту. После того как территории Эстонии и Польши во время Второй мировой войны были заняты советскими войсками, миссии капуцинов византийского обряда закрылись, а монахи, большинство из которых были голландцами, вернулись на родину. В 1940 гг. им удалось создать несколько пастырских центров в Нидерландах для русских беженцев и эмигрантов. С конца XX в. капуцины открыли миссии на Украине (в Киеве, Виннице, Красилове, Староконстантинове, Днепропетровске и Днепродзержинске). В 2004 г. на территории России и Украины была организована вице-провинция Ордена капуцинов. Клариссы-капуцинки (лат. Moniales Cappucinae S. Clarae, Moniales Clarissae Cappucinae), женская конгрегация, основательницей которой считается испанка Мария Лоренса Лонго (1463–1542 гг.), прибывшая в Неаполь около 1506 г. и вступившая там в терциарии францисканцев. Вдохновлённая благочестием появившихся в городе капуцинов, она испросила у Римского папы Павла III (1534–1549 гг.) разрешение на создание обители. Насельницы основанной в 1535 г. обители Санта-Мария-ди-Джерузалемме следовали уставу католической святой Клары Ассизской, дополненному конституциями католической святой Колетты Буале, и некоторым установлениям мужской общины капуцинов. Первое время женскую общину окормляли театинцы. В 1553 г. была основана вторая обитель кларисс-капуцинок – в Перудже. Благодаря щедрым пожертвованиям обители кларисс-капуцинок появились в Италии, во Франции, а также в Испании, Португалии и Мексике.