Внешним проявлением строгого образа жизни были отказ от брадобрития, ношение крестообразного одеяния и сандалий. В первые годы существования капуцины были в оппозиции к францисканцам-обсервантам, которые пытались добиться ареста Маттео да Башо и запрета на его проповедь в Анконской марке. Однако при поддержке папы Климента VII новая община продолжила свою деятельность, хотя на неё были наложены ограничения, касавшиеся, прежде всего, распространения идей капуцинов. Буллой «In suprema» от 16 ноября 1532 г. обсервантам был запрещён переход в общину капуцинов. С 1537 по 1574 гг. действовал запрет на создание общин капуцинов за пределами Италии. Несмотря на это, число капуцинов быстро росло. В 1535 г. в Италии было около 700 членов общин капуцинов (основную их часть составляли бывшие обсерванты). К 1571 г. численность капуцинов достигала 3300, а к 1587 г. – около 6 тыс. человек. После отмены запрета на деятельность капуцинов к северу от Альп новые общины возникли во Франции (1574 г.), в Испании (1577–1578 гг.), в Швейцарии (1581 г.), в Тироле (1593 г.), в Богемии (1599 г.), в Южной и Западной Германии (начало XVII в.), в Ирландии (1615 г.). В XVII в. общины капуцинов были образованы в Восточной Европе. В первой половине – середине XVII в. миссии капуцинов появились на территории современной Канады (1632 г.) и современного американского штата Виргиния (1650 г.). Широкое распространение орденских обителей способствовало укреплению позиций капуцинов в иерархии францисканцев. Быстрый численный рост Ордена поставил вопрос об изменении и о приведении в соответствие с новым статусом Ордена его устава. Генеральный капитул 1643 г. принял новую редакцию монашеских конституций капуцинов (действовали по 1908 г.) и уравнял в правах предальпийские и заальпийские провинции Ордена. В 1626 г. был издан первый сборник литургических текстов капуцинов. Во второй половине XVI в. капуцинам удалось создать эффективную двухступенчатую систему образования. После семилетнего обучения в орденских школах (curiculum studiorum), действовавших в центрах провинций Ордена под руководством провинциалов, член Ордена капуцинов мог продолжить образование в «высшей» школе (studium generale), которой руководил генеральный министр. Развитие собственной системы школ было необходимо ввиду активной миссионерской деятельности Ордена как в католических, так и в православных и нехристианских государствах. Капуцины приняли участие в реставрации католической церкви в странах, охваченных протестантской Реформацией, а также способствовали проведению в жизнь решений Тридентского собора, распространяли новые формы католического благочестия (например, коронование чудотворных образов Божьей Матери). Капуцины окормляли заключённых и солдат, заботились о раненых. Во время эпидемий чумы в XVII в. в Италии, в Испании и во Франции ухаживали за больными и нередко сами погибали от болезни. Самоотверженность капуцинов была удостоена публичной благодарности французского короля Людовика XIV. Много внимания капуцины уделяли христианской проповеди среди нехристианских народов. Миссионерская деятельность вскоре стала основной для капуцинов.