Между 1789 и 1847 гг. не состоялось ни одного генерального капитула капуцинов, управление Орденом осуществлялось либо викариями, либо генеральными прокураторами, назначавшимися папой Римским. Несмотря на внешние потрясения, в этот период продолжалась миссионерская деятельность капуцинов в Америке и Азии. В 1787 г. в Анконе (Италия) была открыта миссионерская семинария для капуцинов, отправлявшихся в Тибет. В 1795 г. подобная семинария для латиноамериканской миссии была создана в Санлукар-де-Баррамеда (Испания). Под руководство капуцинов передан учреждённый в 1820 г. апостольский викариат Тибета и Индостана, впоследствии из него были выделены апостольские викариаты Сардхана и Агра. В 1842 г. проповедники- капуцины прибыли в Китай, однако постоянная миссия появилась только в 1921 г. Капуцины приняли участие в христианизации Филиппин. В 1848 г. капуцины открыли католическую миссию в Чили, в 1852 г. – в Гватемале, в 1870 г. – в Уругвае. Организатором постоянной миссии капуцинов в Эфиопии в 1845 г. стал Гвильельмо Массая; в 1863 г. проповедь христианства в этой стране поручили французским капуцинам (с 1940 г. они работают в Центральной Африке). В 1952 г. была создана ветвь капуцинов эфиопского обряда (подготовка католических пресвитеров-капуцинов эфиопского обряда ведётся в орденской семинарии в Адди-Грате). С середины XIX в. началось восстановление орденских структур в Европе; большую роль в этом сыграли генеральные министры Ордена Венанцио Бурдезе (1847–1853 гг.) и Бернард Кристен (1884–1908 гг.), который реорганизовал пастырскую и миссионерскую работу капуцинов, подчинив контроль за ней генеральному министру Ордена (до этого миссии капуцинов координировал назначаемый папой Римским прокуратор Ордена), способствовал воссоединению с Орденом его испанской ветви (1885 г.). В 1884 г. был учреждён ежегодник «Analecta Ordinis Fratrum Minorum Capuccinorum»; по распоряжению генерального министра Ордена в каждой провинции создавались низшие семинарии (серафические коллегии), где могло обучаться местное население. В 1908 г. в Риме основана международная коллегия католического св. Лаврентия из Бриндизи. Несмотря на определённые успехи, Орден капуцинов не смог восстановить свою деятельность и структуры в прежних масштабах. Во второй половине XIX в. в Ордене насчитывалось около 7 – 8 тысяч монахов, в 1910 г. в 55 провинциях действовали чуть более 10 тысяч капуцинов. В 1909 г. законодательство Ордена было обновлено, принятый тогда новый устав Ордена, скорректированный и дополненный в 1925 г. с учётом норм «Кодекса канонического права» 1917 г., действовал до 1968 г. После кратковременного сокращения численности капуцинов, связанного с Первой мировой войной, в 1920–1939 гг. Орден снова стал быстро развиваться. Наиболее активными оказались нидерландская, баварская, польская, рейнско-вестфальская и испанская ветви Ордена. К 1940 г. капуцинов насчитывалось уже более 13 тыс. человек.