После Второй мировой войны в странах социалистического лагеря (кроме Польши) обители капуцинов были ликвидированы. Восстановление структур Ордена в Восточной Европе стало возможным после 1989 г. В других странах капуцинов затронул общий кризис католического монашества: в 1965 г. в Ордене насчитывалось 15,7 тыс. человек, в 1991 г. – 11 тысяч. После второго Ватиканского собора были выработаны новые орденские конституции (1968 г.), которые, претерпев несколько переработок, были утверждены Папским престолом в 1990 г. В 1959 г. папа Римский Иоанна XXIII присвоил титул Doctor Ecclesiae члену Ордена капуцинов католическому св. Лаврентию из Бриндизи. В 2002 г. папа Иоанн Павел II канонизировал члена Ордена капуцинов Пия из Пьетрельсины (Падре Пио). В настоящее время в Ордене состоит более 10 тыс. монахов, подвизающихся в 620 обителях. В 1629–1631 гг. капуцины начали проповедническую деятельность в Силезии, в 1650–1670 гг. появились обители капуцинов, составившие позднее Силезскую кустодию Ордена (организована в 1754 г.). В Польше после нескольких неудачных попыток благодаря стараниям польского короля Яна III Собеского (1674–1696 гг.) были основаны обители капуцинов в Варшаве и Кракове. Сначала капуцины в Польше входили в состав орденской провинции с центром в Болонье, в 1754 г. была организована Польская провинция в честь католических святых Адальберта (Войтеха) и Станислава. С XVIII в. миссии капуцинов действовали на территории Российской империи – в Санкт-Петербурге, Москве и Астрахани. В 1705 г. царь Пётр I Алексеевич подписал в Гродно грамоту, позволявшую капуцинам селиться в Москве. Однако этим разрешением они смогли воспользоваться только в 1720 г. В июне 1720 г. несколько капуцинов в сопровождении францисканцев-реформатов прибыли в Санкт-Петербург. Взаимное недопонимание между францисканцами и капуцинами вынудило последних оставить столицу Российской империи и отправиться в Москву. Первые годы миссия капуцинов в Москве находилась в юрисдикции префекта Ордена в Грузии, в 1731 г. она получила статус апостольской префектуры (префекту были подчинены также резиденция капуцинов в Астрахани и миссия капуцинов на Украине). В Астрахань капуцины прибыли в 1710 г. по просьбе местных католиков. При католическом храме они открыли школу, которая больше ста лет оставалась единственной в городе. В 1722 г. её посетил Пётр I; в ней учились Антиох Дмитриевич Кантемир и Василий Кириллович Тредиаковский. Усилиями капуцинов в Астрахани были построены каменный храм, госпиталь и аптека. В правление императрицы Екатерины II Алексеевны капуцины уехали из России и продолжили деятельность в Грузии. На территориях, которые отошли Российской империи после раздела Польши, в 1795 г. была образована Русская провинция Ордена, объединившая обители капуцинов в Брусилове, в Ходоркове, в Дунаевцах, в Куне, в Лубешове (Польша, ныне Любешов, Украина), в Остроге, во Владимире-Волынском, в Староконстантинове, в Устилуге, в Виннице и Збриже.