Ещё находясь в составе Ордена францисканцев-конвентуалов, капуцины смогли организовать ряд миссий в разных странах мира. Члены Ордена Хуан Суасо де Медина-дель-Кампо и Хуан де Троя отправились в 1550 г. в Египет. В начале XVII в. были организованы миссии капуцинов в Иране и Османской империи. В 1600 г. миссионерскую деятельность в Африке начал капуцин Амброджо да Сончино, который опекал католиков, находившихся в рабстве в Алжире. В 1618 г. капуцины прибыли в Конго, в 1622 г. миссия была перенесена в Тунис и Марокко (миссия капуцинов в Конго возобновилась в 1910 г.). После 1619 г. масштаб проповеднической деятельности капуцинов существенно вырос. С 1622 г. миссии капуцинов были подчинены генеральному прокуратору Ордена; специальный комиссар стал заведовать делами миссии испанских капуцинов в Западной Индии. В 1779 г. аналогичная должность была создана и для миссии французских капуцинов. По инициативе Конгрегации пропаганды веры французские капуцины отправились в Индию, где в 1641 г. основали миссионерский центр в Мадрасе, а в 1671 г. – в Пондишери (Пудуччери). Несколько миссионерских станций капуцинов было создано в Грузии: в Кутаиси и Гори (1661 г.), в Тбилиси (1697 г.). Французские капуцины в 1635 г. основали миссию в Сенегале и на островах Зелёного Мыса. Испанские капуцины открыли в 1645 г. миссию в Нигерии, в 1648 г. – в Бенине, но из-за сопротивления португальских властей в 1650 гг. были вынуждены покинуть эти территории. В 1632 г. появились постоянные миссии французских капуцинов в Северной Америке, в 1633 г. – на Антильских островах, в 1681–1704 гг. – на Гаити (возобновили деятельность в 1768 г.). В 1699 г. они начали проповедовать в Бразилии, но из-за франко-португальской войны капуцинам пришлось уехать из страны; с 1705 г. миссионерскую деятельность там вели итальянские капуцины, которые организовали апостольские префектуры на территории современных штатов Баия (1712 г.), Пернамбуку (1725 г.) и Рио-де-Жанейро (1737 г.). В 1703 г. Конгрегация пропаганды веры поручила итальянским капуцинам вести миссионерскую деятельность в Тибете и Непале, но вследствие политических трудностей капуцины в 1745 г. отправились в Северную Индию, где приняли под опеку миссии, созданные раньше кармелитами и иезуитами. К 1761 г. Орден поддерживал 238 католических миссий, в 1782 г. – 523. К концу XVIII в. численность Ордена достигла 35 тыс. человек. Капуцины проповедовали в Европе, Азии, Африке и Америке. Французская революция (1789–1799 гг.) и последующие события тяжело отразились на состоянии Ордена. В 1790 г. все монашеские Ордены и конгрегации на территории Франции были упразднены. Политика секуляризации проводилась также на землях, занятых французскими войсками в период наполеоновских войн. В Австрии в результате церковной политики императора Иосифа II (1765–1790 гг.) местные структуры капуцинов были отделены от Ордена. В 1804 г. Римский папа Пий VII выделил из Ордена испанские провинции, подчинив их отдельному генеральному викарию. В начале XIX в. секуляризация капуцинских обителей была проведена в Баварии, Богемии и Венгрии. В 1782–1847 гг. численность Ордена сократилась с 28,5 тыс. до 11 тыс. человек и продолжала уменьшаться.