Первые историко-критические исследования новозаветного канона стали появляться в начале XVIII в. Бурную дискуссию вызвала работа Иоганна Заломо Землера. Он доказывал, что Священное Писание не идентично Слову Божию, и что ряд книг в новозаветном каноне потеряли свою актуальность, другие же имеют локальную, а не универсальную ценность. Следовательно, по его мнению, принятый ныне канон не является обязательным для всей церкви и для всех её членов. В течение XIX в. все крупные библеисты и историки церкви так или иначе писали о библейском каноне. Например, Брук Фосс Уэсткотт полагал, что он был инстинктивно определён уже в самом начале истории христианской церкви как неотъемлемая часть общего исповедания веры. Сбором и анализом источников по истории канона занимались Карл Август Креднер, А. Хильгенфельд, Фридрих Овербек, Альфред Луази. Но самыми фундаментальными работами этого периода являются труды Теодора Цана и его постоянного критика Адольфа фон Гарнака. Т. Цан доказывал, что новозаветный канон возник в процессе долгого развития, эволюции и дополнения. Его ядро сформировалось к концу I в. в связи с появлением гностицизма. Уже в этот период существовали книги Нового Завета, которые читались публично и признавались авторитетными и нормативными во многих общинах. А. фон Гарнак же полагал, что канон сложился только в конце II в. как реакция на монтанизм. Канонизация была процессом ограничения количества священных текстов, исключением ряда книг по богословским причинам. Только факт использования текста в церковной практике, по его мнению, не являлся доказательством его канонического статуса. Особое значение А. фон Гарнак придавал деятельности Маркиона, который первым создал «эксклюзивистский канон», составив сборник, ставший мерилом того, что, по мнению Маркиона, было ортодоксальным учением. Ему же А. фон Гарнак приписывал создание двухчастной модели «Евангелие – Апостол», которая потом была воспринята всей церковью. Оригинальную теорию происхождения канона предложил Й. Лейпольдт, считавший, что ядро канона составляли апокалипсисы. Точку зрения А. фон Гарнака в целом принял Вальтер Бауэр. Для него процесс становления канона был этапом подавления кафолической церковью многообразия раннего христианства, выражавшегося в том числе в принятии разного набора священных книг. С критикой А. фон Гарнака выступил М.Ж. Лагранж, который считал, что А. фон Гарнак переоценил влияние Маркиона на развитие канона ранней церкви.