П.С. Казанский полагал, что «Просветитель» Иосифа, направленный против жидовствующих, не есть нечто цельное, составленное хотя и в разное время, но по «прежде начертанному» плану; этот текст был написан в разное время, для разных лиц и по разным поводам. Последним историко-научным исследованием П.С. Казанского стала статья о личности Лжедмитрия I. П.С. Казанскому принадлежит ряд заметок по церковной археологии. Три статьи («Аналав», «Архимандрит», «Архиепископ») подготовлены им для Археологического словаря и напечатаны в «Материалах для археологического словаря». Он поддержал предложение Ф.И. Буслаева о необходимости преподавания археологии в семинариях, но считал, что это вызовет немало затруднений. П.С. Казанский настойчиво проводил мысль о необходимости изучения византийских древностей, истории и археологии Востока, обращал внимание на мало разработанный в русской науке вопрос об изображениях Богоматери и на необходимость описания древнейших из них с тем, чтобы «показать постепенное умножение их, определить точно отличительные признаки каждого, подведя их под несколько видов». Отмечал значение для церковной науки древнего Предания и важность изучения его, полагая, что «легкомысленное отрицание предания даже более вредит науке, нежели доверчивое уважение к нему». В 1857 г. Синод поручил П.С. Казанскому составление учебника по всеобщей истории. Первая часть (до эпохи св. равноапостольного Константина Великого), исправленная по указаниям митрополита Филарета (Дроздова), после выхода из печати в 1863 г. была рекомендована в качестве учебника для семинарий. В ноябре 1865 г. П.С. Казанский закончил работу над второй частью учебника по истории Средних веков. Поскольку к тому времени первую часть заменили учебником Дмитрия Ивановича Иловайского, вторая часть П.С. Казанского также не была рекомендована в качестве семинарского учебника. Она содержала значительный в сравнении с имеющимися учебниками материал по истории Византии. В сентябре 1869 г. Учебный комитет одобрил её как пособие для преподавателей семинарии, но из-за отсутствия у автора средств на издание она осталась в рукописи (первая часть была опубликована на средства самого П.С. Казанского). П.С. Казанский поместил в напечатанных в Берлине сборниках несколько статей, направленных против священника Ивана Степановича Беллюстина, Дмитрия Ивановича Ростиславова и Александра Ивановича Герцена, о достоинствах и недостатках семинарского образования и воспитания, о положении духовенства и монашества, об отношении современного ему общества к религии.