В записке (1859 г.), поданной князю Сергею Николаевичу Урусову, П.С. Казанский отметил, что, исследуя вопрос о преобладании чёрного духовенства во власти и о рукоположении монахов во иереев, он пришёл к заключению, что первоначально это являлось исключением и считалось несообразным с обетами монашества. В частности, в греческом законодательстве «допущение иноков до священных степеней было только частною уступкою, так сказать временною мерою», и в Греческой церкви можно найти, скорее, осуждение избрания монахов в епископский сан, ибо «монашество есть путь покаяния и смирения, а епископство есть власть и честь». Рассуждая о современности, П.С. Казанский заключил, что «быстрое возвышение монахов по степеням учёным и административным не может быть признано явлением законным», на него следует смотреть не иначе как на злоупотребление и «самое глубокое искажение» сути монашества. П.С. Казанский считал «совершенно несообразною с обетами монашества епископскую власть». Он признался, что эти соображения «удержали» его «от поступления в учёные монахи» и «заставили предаться изучению истории монашества». П.С. Казанский опубликовал несколько статей о летописце Несторе с целью «обратить внимание на некоторые места первой летописи» и доказать, что в том составе, в котором летопись опубликована Археографической комиссией, «она никак не могла быть написана Нестором». П.С. Казанский ссылался на противоречия в свидетельствах, сообщаемых Нестором о себе, о Киево-Печерском монастыре и некоторые др., на различия в языке в Житии Феодосия Печерского и в летописи, полагая, что «один сочинитель не мог написать двух столь несогласных между собою сказаний». Он указывал на необходимость сличения многих списков для восстановления текста памятника в первоначальном виде, полагая, что автор летописи пользовался готовыми текстами разных летописей. Эти статьи вызвали дискуссии. Митрополит Филарет (Дроздов) запретил П.С. Казанскому печатать статьи по этому вопросу из опасения, что полемика примет слишком резкий характер. Е.Е. Голубинский назвал статьи П.С. Казанского о Несторе «нравственным подвигом». Для составления полной географии Древней Руси П.С. Казанский предлагал опубликовать фамильные акты столбовых дворян, а также обратиться к изучению юридических и исторических актов, государственных грамот и договоров. Он опубликовал несколько посланий Иосифа Волоцкого разным лицам, содержащих материал по истории ереси жидовствующих, изучение которой считал чрезвычайно важным.