Первоначально все постройки Казанского Зилантова монастыря были деревянными. В 1625 г. в обители был возведён и 15 августа того же года Казанским  митрополитом Матфеем освящён одноглавый каменный Успенский собор – первый каменный храм в Казанской епархии, построенный после Смутного времени. При входе в собор слева находилась гробница с останками бывшего Суздальского  архиепископа Иосифа (Курцевича). 16 ноября 1895 г. Казанский архиепископ Владимир (Петров) освятил в соборе придел во имя св. равноапостольной княгини Ольги, в склепе которого погребены известная благотворительница генеральша Ольга Сергеевна Гейнс (урождённая Александрова; 1847–1927 гг.), её отец, мать, брат и муж. В 1681 г. к юго-западу от Успенского собора был построен тёплый храм во имя Всех святых с братскими кельями, трапезной и кладовой. После ремонта в храме был устроен и освящён 3 декабря 1829 г. Казанским архиепископом Филаретом (Амфитеатровым) придел во имя апостолов Петра и Павла. К концу XIX в. Всехсвятский храм «дал трещины» и был перестроен, в 1912 г. обновлены его росписи. Над восточными воротами была построена и 18 мая 1720 г. Казанским  митрополитом Тихоном освящена церковь во имя святителя Алексия, митрополита Московского, – трёхъярусный трёхапсидный храм типа «иже под колоколы» в нарышкинском стиле. После ремонта Алексиевский храм был вновь освящён 3 августа 1830 г., но к 1898 г. обветшал и пребывал в «самом жалком виде». Над теми же восточными воротами на верхнем этаже 25 ноября 1828 г. была освящена ещё одна церковь – в честь Виленской иконы Божьей Матери (к 1900 г. разобрана), а на нижнем этаже – церковь во имя Герасима Иорданского (время освящения исследователям неизвестно). В начале XX в. ансамбль монастыря был обнесён стенами с бойницами и четырьмя круглыми угловыми башнями, включал колокольню (1897 г.), братский корпус (1910 г.), двухэтажный настоятельский и казначейский корпуса (1808–1809 гг.), деревянные братский корпус, флигель для насельников и наёмных служителей, конюшенный двор (1806 г.) и другие хозяйственные постройки. Территорию обители украшали вековые дубы, липы, вязы. За оградой находились кирпичный завод, монастырские баня и пристань Бакалда «для складки товаров с 30 лабазами». В 1823 г. над братской могилой воинов, павших при штурме Казани в 1552 г., вместо часовни был возведён и Казанским  архиепископом Амвросием (Протасовым) освящён храм-памятник в честь Нерукотворного образа Спасителя (архитектор Николай Фёдорович Алфёров).