С 1720 г. Казанский Зилантов монастырь возглавлял архимандрит Евфимий, при котором монах Геронтий (Варфоломеев) и другие насельники подвергались «крепкому розыску» в Тайной канцелярии по обвинению в «сумасбродстве» и расколе, а «знатный» казначей иеромонах Иосиф в 1723 г. был направлен на служение в приказ Инквизиторских дел. В 1732 г. архимандрит Евфимий был отстранён от настоятельства, запрещён в священнослужении и сослан в Трифонов вятский монастырь. В ходе расследования по делу Казанского митрополита Сильвестра (Холмского) архимандриту вменялось в вину «невозношение» во время служения литургии титула Святейшего Синода, но к 1739 г. Евфимий получил разрешение совершать богослужения. В 1733 г., при настоятеле (1733–1738 гг.) архимандрите Епифании (Адамантском или Адамацком) из казанского во имя Святой Троицы Феодоровского монастыря в Казанский Зилантов монастырь была переведена славяно-латинская школа-училище, которая именовалась епархиальной семинарией; 121 ученик содержался «на коште и пропитании семинарском». Среди преподавателей были Стефан Гловацкий (впоследствии митрополит Суздальский Сильвестр), Василий Пуцек-Григорович (впоследствии митрополит Казанский Вениамин), направленные в Казань из Киева. В середине 1730 гг. средства (638 руб.) от продажи с публичного торга «пожитков» насельника Казанского Зилантова монастыря монаха Иоакима (Судовикова; ум. 1734 г.) поступили на строительство в Казани отдельного каменного корпуса «новозачатой» семинарии. В 1740 г. семинария была переведена из Казанского Зилантова монастыря в новый корпус близ Казанского кремля. При ревизии 1736 г., проведённой новым Казанским архиепископом Гавриилом (Русским), обнаружилось, что в Казанском Зилантовом монастыре проживал монах Феодосий, «пришлый из малороссиян» (без паспорта), которого подвергли наказаниям. В том же году настоятель Казанского Зилантова монастыря архимандрит Епифаний жаловался влиятельному архиерею, члену Синода епископу Вологодскому Амвросию (Юшкевичу) на притеснения со стороны архиепископа Гавриила: новый Казанский архиерей самочинно отстранил Епифания от настоятельства. Указом Синода от 13 декабря того же года архимандрит Епифаний был оставлен настоятелем «по прежнему», а архиепископ Гавриил получил взыскание. После кончины архимандрита Епифания его имущество было продано с торгов, десять книг на латинском и польском языках (в том числе сочинения Августина Блаженного, Флавия Вегеция Рената, Августа Германа Франке и др.) передано в Московскую синодальную канцелярию, а девять рукописных книг оставлено в библиотеке нового Казанского епископа, Луки (Конашевича). 8 декабря 1738 г. новым настоятелем был назначен бывший казначей архиерейского дома игумен Герман II. В 1740 г. при Казанском Зилантовом монастыре была основана школа для детей татар, чувашей и марийцев с обучением русскому языку и Закону Божию. В 1741–1745 гг., при настоятеле Иоасафе (Шалвицком), в обители проживали казначей, пять иеромонахов, три иеродиакона, монах-просвирник, «подкеларщик», «синодишной» и «огороденный» монахи, а также бельцы: два псаломщика, архимандричий повар, стряпчий, два сторожа, два конюха, два хлебника, три дворника, двое военных (поручик и сержант).