Помимо прообразов Иаков Саругский говорит и о символах Евхаристии – оружии против бесов, горящем угле из видения пророка Исаии, который есть «тайна/символ», «огонь чистительный» и «огонь живой». Иаков Саругский называет Тело и Кровь Христовы «жемчужинами жизни», которые должны приниматься чистыми телом и кровью. Глубоко проработана тема Вечери как «нового пути». Иаков Саругский отдаёт долг и традиционным для раннехристианской cакраментологии темам жертвы и воспоминания. Евхаристия в его богословии – это событие, неразрывно связанное со всей историей спасения, предуказанное в прообразах и выражаемое символами. Новый путь, новая Вечеря открываются в бескровном преломлении хлеба. Антииудейская полемика занимает в сочинениях Иакова Саругского заметное место. По его мнению, распятие Христа не повод для осуждения иудеев: «...За то, что распял, иудей не осуждён». Вина иудеев состоит в том, что, когда Воскресение стало реальностью, они продолжали говорить, что «Сын Божий не Сын», т.е. не веровали в Воскресение. Им было дано время до разрушения Иерусалима, когда всякий, кто признал Христа, помилован. Нет никакого проклятия и на тех, кто пришли ко Христу позже, они также будут помилованы Богом. Вопрос о православии Иакова Саругского впервые был поставлен в 1716 г. литургистом Е. Ренодо, считавшим его монофизитом, против чего в 1719 г. выступил Иосиф Симон Ассемани. Наиболее убедительно изложил аргументацию в пользу православия Иакова Саругского болландист П. Петерс. П. Крюгер, а затем и Т. Янсма справедливо отмечали, что письма Иакова Саругского братии монастыря Мар-Басса не позволяют сделать однозначные выводы. Т. Янсма в ряде статей доказывал приверженность богословия Иакова Саругского к Никео-Константинопольскому Символу веры и традиции Ефрема Сирина. В качестве аргументов в пользу православия Иакова Саругского приводились отзывы его современников: пресвитер Тимофей Константинопольский называет его «православным», а Иешу Стилит – «преподобным». Иаков Саругский приступил к епископскому служению при императоре Юстине I, начавшем массовые гонения на антихалкидонитов: по его приказу были изгнаны с кафедр Севир, патриарх Антиохийский, епископ Филоксен Маббугский и многие другие епископы. Исследователи предполагают, что, если бы Иаков Саругский открыто принадлежал к антихалкидонитам, он бы, скорее всего, разделил их судьбу. Однако существуют сообщение Григория Бар Эвройо о том, что Иаков Саругский находился в общении с патриархом Севиром, и свидетельство «Хроники» Дионисия Телль-Махрского о том, что Иаков Саругский не захотел причащаться со следующим Антиохийским патриархом Павлом, поскольку тот был дифизит. В некоторых произведениях Иакова Саругского говорится о «единой природе» Христа, хотя исследователи не исключают, что эти места интерполированы. В VIII в. одно из сочинений Иакова Саругского было вставлено в сирийский корпус произведений Исаака Сирина, откуда попало в греческий перевод IX в.