Христологические взгляды Иакова Саругского представлены по-разному в его письмах и мемрах. Если письма выражают «александрийский уклон», то в мемрах он выступает как настоящий последователь Ефрема Сирина с его глубоко укоренённым недоверием богослова-поэта к спекулятивным процедурам. Т. Янсма называет такое богословие «docta ignorantia» («учёное неведение»), имея в виду преимущество «изумления, веры и любви» перед интеллектуализмом греческого типа. Однако, несмотря на это, Иаков Саругский, уступив просьбам игумена Лазаря из монастыря Мар-Басса, высказал открытое осуждение Халкидонского собора. В христологии Иакова Саругского важное место занимает концепция двух рождений Сына Божия – естественного и домостроительного, которые соответствуют двум онтологическим модусам – бытия и становления. Эту двойственность во Христе Иаков Саругский, подражая Ефрему Сирину (для которого также характерна игра антиномиями), описывает как «тайну Христову». Эта тайна раскрывается через понятие «образ»: Бог создал Адама не по Своему образу («Великого Ума»), а по образу Христа, Который до Воплощения существовал потенциально. Христос приходит в мир, «спрятавшись» в Своём человечестве, в образе раба, чтобы сойти в шеол и избавить род людской от рабства смерти. Единство Христово (Иаков Саругский выражает его через имя Еммануил) – единство природное (по естеству Христос един), реализуемое в человеческом образе. Это ипостасное (природное) единство именуется у Иакова Саругского «смешением»: Бог с нами – человечески, Сын Божий с нами – божески. Чёткое различение двух рождений, которое Иаков Саругский проводил в своём богословии, было, как полагают исследователи, одним из обстоятельств, помешавших ему увидеть логику Халкидонского собора: первое рождение есть принцип, начало и причина второго, но в обоих рождениях Христос – Единородный. Именно поэтому Иаков Саругский считал халкидонитов последователями Нестория, верующими в то, что «один распят, а другой не приближался к этому». Христология Иакова Саругского интегрирована в его триадологию, вследствие чего его нередко обвиняют в докетизме. Однако все те выражения у Иакова Саругского, которые могли бы казаться «докетическими», уравновешиваются в его сочинениях «реалистическими» корректурами: Христос «воплотился», «вочеловечился» и «стал человеком». Чтобы подчеркнуть божественность Христа, Иаков Саругский именует Его «огнём с неба»; огонь символизирует природную инаковость Бога, Его неприступность. Иаков Саругский говорит о том, что «тайна Христова» состоит именно в сохранении свойств Божества, а кеносис относится к Ипостаси и воле. При этом он неоднократно повторяет, что выделять две природы – то же самое, что выделять два Лица или двух Христов. Анализ лексики, относящейся к единению, приводит к выводу, что оно есть «некое состояние между смешением и разъединением».