Прозаические сочинения Иакова Саругского немногочисленны. Он составил шесть праздничных проповедей (тургоме), Слово о внимании к своим грехам, Слово на полунощницу среды третьей седмицы Великого поста и несколько кратких надгробных Слов. Ему также принадлежит Житие Мар Ханнины, посвящённое некоему Филофею. По свидетельству Григория Бар Эвройо, Иаков Саругский написал толкование на шесть сотниц («Умозрительные главы») Евагрия Понтийского, однако это сочинение не сохранилось. Иакову Саругскому приписываются литургия (известна в эфиопском переводе), чины крещения и миропомазания. Наиболее значительной частью его наследия считаются стихотворные произведения – мемры и мадраши (иногда называемые соответственно гимнами и гомилиями). В панегирике Георгия приводится перечень его поэтических трудов. Анонимное Житие насчитывает 763 мемры Иакова Саругского, из них сохранилось более 300 (значительная часть изданы). Исследователи отмечают, что по содержанию мемры весьма разнообразны: толкование сюжетов Ветхого Завета (в частности, пророчеств о Христе), Нового Завета, сказаний об Эдесском Нерукотворном образе Спасителя, Успении Богородицы, Обретении Честного Креста; похвалы святым (Гурию, Самсону и Авиву, Шарбелю, Симеону Столпнику Старшему и Ефрему Сирину); о таинствах (евхаристии, крещении, священстве); на праздники; о крещении императора Константина I Великого, о семи Эфесских отроках, о дворце апостола Фомы, построенном в Индии. Есть циклы по пять мемр против иудейства и против зрелищ. Список инципитов к мемрам Иакова Саругского опубликован Себастианом Броком. Самостоятельный раздел в корпусе произведений Иакова Саругского составляют письма, из которых исследователям наиболее известна переписка с иноками монастыря Мар-Басса, письмо христианам Награна (519/520 г.) и послание Стефану бар Судаили. Работа по изданию его наследия продолжается. Богословие Иакова Саругского сосредоточено на нескольких темах, причём вопросы христологии, занимавшие его современников, не всегда являются для него центральными. Развернувшиеся в науке дискуссии о христологической позиции Иакова Саругского выявили безусловно антихалкидонитские и вообще антидифизитские тенденции в его богословии. Тем не менее, Иакова Саругского исследователи не могут с уверенностью считать и монофизитом, даже таким, как Севир Антиохийский или Филоксен Маббугский. Христология Иакова Саругского архаична и ориентирована на дохалкидонскую, так называемую ефремовскую, традицию. Иаков Саругский дистанцировался от дифизитства и халкидонитства, следуя ранней, «досевировой» форме монофизитской христологии. По мнению Т. Янсмы, христология Иакова Саругского была «внепартийной» и представляла собой «третью позицию» в сравнении с севирианством и антиохийством/халкидонитством. Как отмечает Т. Бу Мансур, правильнее всего рассматривать её как сочетание богословских традиций, характерных для александрийского богословия эпохи «Энотикона», и принципов экзегезы и богословия, унаследованных им от Эдесской школы с её преклонением перед Феодором Мопсуестийским.