День преставления преподобному возвестил ангел, накануне иеромонах Исаия причастил Иродиона. Годом преставления святого в «Описании о российских святых» назван 1541-й (7050), что противоречит Житию, в котором говорится, что преподобный прожил в Белозерском уезде «лета довольна». Иродион был погребён 28 сентября в часовне рядом с построенной им церковью Рождества Пресвятой Богородицы. Исследователи полагают, что вскоре после кончины святого на месте его отшельничества возник небольшой монастырь – Междуозерская (Илоезерская) Родионова пустынь, построенная преподобным церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы использовалась также приходской общиной. В краткой редакции Жития, в первом рассказе о чуде, которое совершилось после преставления святого, повествуется о наказании Софония, который ткнул «жезлом» в могилу преподобного (видимо, для того, чтобы раскопать её и достать «сокровище») и ослеп. Спустя несколько лет ночью Софонию явился Иродион и повелел молиться у своей могилы, после чего Софоний исцелился. В благодарность он сделал деревянную гробницу над могилой Иродиона и повелел написать его образ. В Смутное время Междуозерская пустынь была разорена, старцы «от скудости розбрелись». В рассказе об одном из чудес Иродиона повествуется, что летом 1612 г. «воровские люди» оказались на острове Ило, один из них, встав на гробницу святого, стал снимать оклад с иконы Всемилостивого Спаса и был разбит параличом. Испуганные грабители, погрузив своего товарища на лошадь, покинули пустынь. В 1620–1640 гг. церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы была приходской, при ней в кельях жили нищие и пономарь. В середине XVII в. здесь возобновилась монашеская община во главе со строителем иеромонахом Исидором. В 1652 г. иеромонах Исидор получил благословение Ростовского митрополита Варлаама II на строительство церкви в честь Похвалы Пресвятой Богородицы над могилой Иродиона (храм сгорел в 1705 г., затем был восстановлен). По грамоте царя Алексея Михайловича от 28 февраля 1654 г. обители были пожалованы остров Ило, рыбные ловли и лес близ озера; в монастыре было пять братских келий и одна строительская, проживали три старца. Несколько лет продолжалась тяжба между иеромонахом Исидором и служившим в Рождество-Богородицкой церкви белым священником Евтихием Васильевым, поскольку власти монастыря стремились перевести существовавшую при церкви Рождества Пресвятой Богородицы приходскую общину в соседний (Иловский Преображенский) приход. Благодаря усилиям строителя иеромонаха Исидора после «обыска», проведённого в 1653 г. архимандритмо Митрофаном, Иродион был канонизирован к местному почитанию. В Месяцеслове Симона (Азарьина) середины 1650 гг. имя Иродиона значится без указания дня памяти: «...Преподобнаго отца Иродиона, иж на озере Возатке близ Белоозера» (Российская государственная библиотека). Сведения о гробнице и об иконе преподобного приведены в описи церкви в честь Похвалы Пресвятой Богородицы, составленной в 1664 г.: «Над гробницею Иродиона чудотворца вместо раки решетка древяная, крашена празеленью. На гробнице образ Иродиона чудотворца, во облаце Святая Троица, на празелене». К 1747 г. над погребением святого была устроена рака, на которой находился образ Иродиона: «Та гробница и со цкою в вышину аршин с верхом, древяная. Над оною гробницею имеется на столпах резная сень и расписана красками». После смерти иеромонаха Исидора в 1664 г. Междуозерская пустынь фактически прекратила существование, вновь превратившись в приход, что было утверждено в ходе реформы в 1764 г.