В армянских исторических источниках сохранились сведения о некоем епископе Иларионе, который по наущению азнауров (дворян) Тао и влиявшего на них византийского императора Василия II (976–1025 гг.) участвовал в заговоре и убийстве царя Давида III Куропалата (ум. в 1001 г.). Армянский историк XII в. Маттеос Урхаеци, основываясь на сведениях более ранних источников, писал: «Безбожный епископ Иларион снова воспламенился злыми мыслями, вошёл в его (царя) комнату и, пока благочестивый Давид спокойно почивал, взял его подушку, наложил ему на лицо, навалился на него крепкой силой и мученически задушил боголюбивого Давида Куропалата». Спустя несколько лет епископа Илариона по приказу императора Василия арестовали и вместе с азнаурами бросили в море. Исследователи считают, что нельзя отождествлять этого архиерея с архиепископом Иларионом (I); очевидно, речь идёт о неизвестном по другим источникам придворном грузинском епископе. После смерти Давида III его владения перешли к Византийской империи. На протяжении больше ста лет большая часть Ишханской епархии находилась под властью византийцев и турок-сельджуков. Эти территории были возвращены Грузии при царе св. Давиде IV Строителе (1089–1125 гг.). В пределах Грузии оставался центр епархии – Ишхани. В 1006 г. к югу от кафоликона Ишхани, напротив южного портала, царь Тао Гурген II (ум. в 1008 г.), отец царя единой Грузии Баграта III (975–1014 гг.), построил малую церковь во имя Богородицы. На архитраве входа письмом асомтаврули была вырезана строительная надпись, в которой указано, что Гурген II «построил сию святую церковь во имя святой Богородицы, для моления души моей... «Вот врата Господа; праведные войдут в них» (Пс. 117:20). Все входящие, помяните меня в молитве. Кроникон был 226 (1006 г.)». Такая же дата, только в армянском летоисчислении (45 г.) и исполненная армянскими буквами, помещена на правой стороне надписи, напротив грузинской даты. Исследователи считают, что армянское обозначение даты – дань местному халкидонитскому армянскому населению, посещавшему монастырь. Очевидно, Гурген II построил церковь как свою усыпальницу, и, как полагают исследователи, был там и похоронен. Двери кафоликона и церкви расположены друг против друга так, что во время богослужения священник легко мог перейти из главного храма в царскую молельню. Современником царей единой Грузии Баграта III (975–1014 гг.), Георгия I (1014–1027 гг.) и Баграта IV (1027–1072 гг.) был архиепископ Антоний (I), который в 1014–1027 гг. достроил кафоликон в Ишхани. Сведения об этом были внесены в две надписи, на основании которых деятельность архиепископа Антония (I) исследователи датируют началом – 1040и гг. В научной литературе архиепископ Антоний (I) отождествляется с Антоном Цагерели, фигура которого изображена на чеканной серебряной иконе Симеона Чудотворца, хранившейся в селе Лагами в Сванети (ныне в Государственном музее истории Грузии). Из надписи на иконе исследователям стало известно, что Антоний (I), будучи епископом Цагерским, побывал в Ишхани, возродил здесь церковную жизнь, возобновил храм и пожертвовал ему икону преподобного Симеона. Исследователи считают, что позже он был переведён на Ишханскую кафедру.