В числе Пермских и Устюжских святых Иона (в молении, в охристой фелони и архиерейской шапке, с Евангелием в правой руке) показан в правом клейме иконы «Святитель Стефан Пермский, с деисусом и избранными святыми», происходящей из деревни Цилиба Ленского района Архангельской области (1717 г., музей Андрея Рублёва). Образ Божьей Матери «Необоримая стена и Покров России» (1866 г., Чердынский краеведческий музей имени А.С. Пушкина) создан в мастерской села Покча Пермской губернии, согласно надписи, «в память избавления от злоумышленного покушения на жизнь царя-освободителя Александра II» как вклад в церковь Благовещения Богородицы крестьянина В.И. Федосеева. Представленные святые прославились апостольским и миссионерским служением, Иона изображён вместе с апостолом Андреем Первозванным, равноапостольным великим князем Владимиром, князем Александром Невским (небесный покровитель императора Александра II), равноапостольными Кириллом и Мефодием, Пермскими святителями. В составе композиции «Собор русских святых» Иона включён, в частности, в группу святителей на выговской иконе конца XVIII – начала XIX в. (Музей изобразительных искусств Республики Карелия), на северодвинской иконе XIX в. из деревни Малая Горка Виноградовского района Архангельской области и на образе 1814 г. письма мастера-старообрядца П. Тимофеева (Русский музей), на поморской иконе первой половины XIX в. из деревни Чаженьга Каргопольского района Архангельской области (Третьяковская галерея) и др. Необычно – в белом клобуке Иона представлен во главе среднего ряда группы святителей на иконе первой половины XIX в. из старообрядческой моленной на Волковом кладбище в Санкт-Петербурге (музей истории религий). Крайним справа в первом ряду святителей (крайний слева – Стефан Пермский) он написан на иконе середины – второй половины XIX в. (Третьяковская галерея). Образ Ионы присутствует в группе подвижников XV в. в стенописи галереи русских святых, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись в академической манере конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия, поновлена в 1970 гг. и около 2010 г.). В XX в. эта традиция была продолжена на келейной иконе Афанасия Ковровского «Все святые, в земле Русской просиявшие» (Иона в крещатой фелони и митре, небольшая борода с проседью), созданной в 1934 г. монахиней Иулианией (Соколовой), на её авторских повторениях 1950 гг. (Троице-Сергиева лавра) и на списках конца XX – начала XX вв., например, на иконе из церкви Николая Чудотворца на Глинках в Вологде (2004–2005 гг., иконописец Наталья Валерьевна Масюкова). Современные произведения с образом Ионы находятся, например, в Усть-Вымском монастыре. Исследователям известны современные прориси и книжные иллюстрации, например, работы пермского художника Аркадия Тимирхановича Амирханова для книги «Какорин А. Священник седмерица св. просветителей Пермской страны (XIV–XVII вв.). Пермь, 1996 г. Существуют композиции на сюжет «Крещение чердынского народа святителем Ионой Великопермским».