В 1467 г. Иона посетил Великий Новгород, оказав помощь Новгородскому епископу Ионе в поставлении священников (после того как многие клирики умерли во время эпидемии). В годы служения Ионы территория Пермской епархии существенно расширилась на восток – в междуречье Камы и Чусовой за счёт включения в состав епархии Великой Перми, которая была самостоятельной частью, поскольку не имела границ с основной территорией епархии. Исследователи считают, что в 1462 или 1463 г. Иона основал в центре Великой Перми, в Чердыни, первый на Урале монастырь – чердынский во имя апостола Иоанна Богослова. Однако это лишь предположение, основанное на грамоте царя Ивана IV Васильевича от 10 августа 1580 г. о неприкосновенности владений Чердынского монастыря: «В Перми Богословский монастырь общей один, как пермичи крещение приняли». Исследователи полагают, что в годы управления Ионой Пермской кафедрой по его заказу было составлено краткое Житие («Память») Питирима Пермского. Сообщение о кончине Ионы с точной датой содержится в Софийской второй летописи (Полное собрание русских летописей, том 6). Свидетельства поздних источников о смерти епископа 6 июня или 29 октября 1470 г., исследователи склонны считать недостоверными. В литературе встречается также указание на кончину святителя в 1471 г. Иона был похоронен в кафедральной Благовещенской церкви в Усть-Выми слева от гробниц его предшественников – Пермских святителей Герасима и Питирима. В результате позднейших перестроек деревянного Благовещенского храма гробницы оказались за стенами церкви, над ними была сооружена часовня во имя Всех святых (упоминается начиная с XVI в.). В 1741–1746 гг. вместо деревянного Благовещенского храма был воздвигнут каменный, к которому в 1749 г. пристроили Всехсвятский придел (с отдельной главой), где находилось место погребения трёх Пермских архиереев (придел освящён в 1764 г.). Священник Мисаил, начавший в 1586–1588 гг. составление Вычегодско-Вымской летописи, одним из источников своего труда называет Житие Ионы, при этом сообщения летописи о деятельности Ионы не содержат следов заимствования из агиографического сочинения. В 1607 г. по распоряжению царя Василия Ивановича Шуйского и патриарха Ермогена Вологодский и Великопермский епископ Иоасаф написал икону Пермских епископов Ионы, Герасима и Питирима, на которой они были изображены в рост. Икона находилась над гробницей святителей в Усть-Выми. По мнению исследователей, вскоре после создания образа была установлена их общая память 29 января, и начата запись чудес, древнейшее чудо относится к 20 января 1609 г. «Чудеса иже во святых отец наших великих чудотворцов, епископов Усть-Вымских и Великопермских Герасима и Питирима, Ионы» известны в ряде списков, старший датируется рубежом XVII и XVIII вв. и содержит описание чудес за 1609–1646 гг. (Российская государственная библиотека). В наиболее полной редакции памятника описано 44 чуда, которые произошли в 1609–1646, 1675–1716, 1817–1842 гг. В 1649–1653 гг. церковь во имя святителей Герасима, Питирима и Ионы была построена при Вологодском архиерейском доме. В Усть-Выми существовал храм во имя Трёх Пермских святителей. К началу XVIII в. подробности жизни Ионы, Герасима и Питирима практически забылись даже в Усть-Выми.