Иоанн был обнаружен зверски замученным на разгромленной и сожжённой даче. Преступление не было раскрыто. 21 октября 1934 г. отпевание Иоанна в рижском Христорождественском кафедральном соборе возглавил митрополит Таллиннский и всей Эстонии в юрисдикции Константинопольского патриархата Александр (Паулус). На похоронах Иоанна присутствовало не менее 100 тыс. человек. Иоанн был похоронен на Покровском кладбище Риги, над его могилой на пожертвования верующих была возведена часовня. Канонизирован РПЦЗ в 1981 г. 17 июля 2001 г. определением Священного Синода РПЦ имя Иоанна включено в Собор новомучеников и исповедников Российских. 24 сентября того же года в Риге состоялся Собор ЛПЦ, принявший определение о включении Иоанна в Собор Латвийских святых. 14 июля 2003 г. были обретены честные мощи Иоанна, а 4 октября того же года состоялось их перенесение в рижский Христорождественский собор, где они почивают в настоящее время. 13 июня 2007 г. ЛПЦ создан Фонд имени Иоанна (Поммера). Сохранилось множество фотографий Иоанна в сане епископа (1917 г.) и архиепископа (1920–1930 гг.). На иконе, созданной к его прославлению РПЦЗ (1981 г.), Иоанн изображён без митры, в красном саккосе и белом омофоре, с панагией, в левой руке восьмиконечный крест, правая – в жесте именословного благословения. У него широкая раздвоенная борода с проседью и зачёсанные назад длинные волосы. К прославлению Иоанна РПЦ в 2001 г. рижским иконописцем протоиереем Александром Шабельником на основе фотографий 1920–1930 гг. с учётом пожеланий архиепископа Рижского и всей Латвии Александра (Кудряшова) были написаны образы Иоанна, ставшие иконографическими образцами. Иоанн представлен в архиерейском богослужебном облачении – в красном саккосе, белом омофоре и митре, с панагией, правая рука с благословляющим перстосложением (с крестом или без него), в левой – закрытое или раскрытое (текст: Мф. 5:11) Евангелие. К перенесению мощей святого в 2003 г. тем же иконописцем исполнен ростовой вариант этой иконографии, помещённый над ракой Иоанна в кафедральном соборе в честь Рождества Христова в Риге. Образ Иоанна этого извода (с крестом и раскрытым Евангелием) с частицей мощей находится в Москве в соборе Покрова Пресвятой Богородицы Марфо-Мариинской обители; другая аналогичная икона (Иоанн с благословляющей десницей) – в Латвийской христианской академии в Юрмале. Выносная икона Иоанна с поясным образом святого и несколько аналойных икон находятся в храмах Латвии. Исследователям известны две иконы Иоанна, отличные от распространённой иконографии: на одной Иоанн изображён благословляющим дикирием и крестом, в саккосе с орнаментом и в митре, с панагией на груди. На другой он в чёрном клобуке, архиерейской мантии и епитрахили, с благословляющей десницей, в левой руке – посох.