Иоанн переизбирался в сейм Латвийской республики третьего и четвёртого созыва, вёл в парламенте плодотворную работу по защите православия и русского меньшинства в Латвии. Был принят ряд законов, давших возможность открыть русские учебные заведения и библиотеки; предусматривалось получение ими пособий из государственных фондов. Благодаря усилиям Иоанна представители русского меньшинства вошли в латвийское правительство. Сотрудничая с центристскими политическими силами Латвии, Иоанн активно противостоял социал-демократам и коммунистам, обвиняя их в разжигании социальной розни, говорил о губительности марксизма на примере ситуации в СССР. По характеристике Иоанна, «во всей истории человечества не было и не будет, и не может быть режима, который был бы страшнее, грубее и подлее марксистского режима. Это злодеи, которые не боятся Бога и не стесняются людей. Это люди, умертвившие в себе человека, опустившиеся до уровня зверей». При резком осуждении политического режима в СССР Иоанн сохранял канонические связи с Русской церковью. В 1927 г. в переписке с Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) Иоанн прямо указал, что руководимая им Латвийская церковь строго придерживается канонических правил и сохраняет духовную связь с Московским патриархатом, одновременно отмежевываясь от декларации о лояльности к советской власти. Иоанн состоял товарищем председателя комиссии по иностранным делам сейма Латвийской республики, был представителем русского населения в Культурном фонде Латвии, председательствовал в обществе Красного Креста, постоянно сотрудничал в журнале «Вера и жизнь». Был вдохновенным проповедником, прекрасно владел и русским, и латышским художественным словом, говорил просто и кратко, но был способен полностью захватить внимание слушателей. На проповеди Иоанна собиралась вся православная Рига. В последние годы жизни Иоанн пребывал на архиерейской даче у озера Кишэзерс в Озолкалнах, куда ездил из Риги на трамвае, а потом шёл несколько километров пешком. В часы досуга занимался столярным делом и сельским трудом. Активная позиция Иоанна вызывала нападки представителей разных политических сил, как радикально левых, так и крайних националистических; против него организовывались клеветнические кампании в прессе, звучали и прямые угрозы. В 1934 г. неизвестные несколько раз проникали в дом архиепископа, но Иоанн сумел справиться со злоумышленниками. Он отказался от охраны, заявив, что не хочет подвергать опасности других людей.