Во время Первой мировой войны организовал школы и приюты для многочисленных беженцев из Галиции и западных губерний России. Снискал в Таганроге любовь и уважение верующих. После Февральской революции 1917 г., опираясь на поддержку паствы, публично осуждал органы революционной власти. Был арестован, но вскоре освобождён по требованию верующих, которые подошли крестным ходом к тюрьме. После этого Иоанн повсюду сопровождало множество народа, готового защитить своего архиерея. Участник поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. 7 (по другим данным, 13) сентября 1917 г. назначен епископом Старицким, викарием Тверской и Кашинской епархии. После высылки в конце декабря того же года из Твери по решению Тверского губернского совета Тверского архиепископа Серафима (Чичагова) временно управлял епархией. 22 апреля 1918 г. назначен на Пензенскую и Саранскую кафедру, был возведён в архиепископы. В это время ситуация в Пензе резко осложнилась в связи с действиями бывшего Пензенского архиепископа Владимира (Всеволода Владимировича) Путяты (20 апреля извергнут поместным Собором из сана), сторонники которого после смерти при невыясненных обстоятельствах управляющего Пензенской епархией Прилукского епископа Феодора (Лебедева; ум. 10 марта 1918 г.) захватили Спасский кафедральный собор. 30 апреля Иоанн прибыл в Пензу, где его на вокзале встретили сотрудники ВЧК, которые обыскали и допросили архиерея. Сторонники Владимира Путяты, явившись к Иоанну, заявили, что не допустят его ни в один из пензенских храмов, и потребовали немедленно покинуть Пензу. Однако на следующий день Иоанн совершил архиерейскую службу в Петропавловском храме, предотвратив его захват сторонниками Владимира Путяты. Первоначально поселился в пензенском Спасо-Преображенском мужском монастыре, сумел за несколько дней завоевать расположение клира и верующих Пензы, объединить их против организованной Владимиром Путятой «Народной церкви». 9 мая 1918 г. сторонники Владимира Путяты (по другим сведениям, тайные сотрудники ВЧК) совершили покушение на Иоанна в монастырской келье, архиерей был ранен из револьвера. В мае того же года, во время боёв с войсками Чехословацкого корпуса, красноармейцы открыли артиллерийский огонь по Спасо-Преображенскому монастырю, несколько снарядов взорвалось рядом с кельей Иоанна. Пензенские власти, незамедлительно зарегистрировав «Народную церковь» Владимира Путяты, отказывались признать канонические органы управления епархией. 12 июня, после того как Иоанн издал распоряжение об анафематствовании Владимира Путяты и его сторонников во время церковных служб, местные власти под угрозой «самых жёстких мер, предуказываемых военным положением», потребовали от Иоанна изменить решение.