Органам ВЧК было предложено не допустить анафематствования Владимира Путяты. 14 июня было сделано заявление о незаконности деятельности Иоанна и организованного им епархиального управления, «как не желающих регистрироваться в коллегии внутренних дел и комиссариате по отделению Церкви от государства». Пензенский совет предложил Иоанну в трёхдневный срок покинуть Пензу. 27 июня была арестована большая группа священнослужителей, ранее утверждённых Иоанном в должностях в основных храмах Пензы, а также члены епархиального управления. Грубому насилию Иоанн противопоставлял величайшую силу духа и воли, за что заслужил уважение и любовь паствы. 27 сентября 1918 г. Владимир Путята со своими сторонниками сделал попытку захватить Петропавловский храм, чему воспрепятствовали прихожане. Прибывшая милиция арестовала как организаторов беспорядков и Владимира Путяту, так и Иоанна. В течение месяца Иоанн содержался в городской тюрьме, где в это время шли массовые расстрелы заложников, в число которых был включён и архиерей. В начале октября, после вмешательства германского консула и ареста за превышение полномочий местного комиссара, тюремное заключение Иоанна было заменено домашним арестом. Впоследствии он неоднократно подвергался допросам и обыскам. По причине ликвидации властями всех органов епархиального управления взял все дела по управлению епархией на себя. Деятельность епархиального совета была восстановлена только в феврале 1919 г. 28 июля того же года Иоанн был зачислен в тыловое ополчение, но по ходатайству приходов явка на военную службу была отсрочена на два месяца (потом отсрочку необходимо было регулярно продлевать). По приглашению приходов Иоанн совершил длительную поездку по епархии, его богослужения проходили с большим духовным подъёмом, собирали огромное количество верующих. 11 ноября 1919 г. был вновь арестован органами ВЧК по обвинению в участии «в контрреволюционной организации». Находился в заключении вначале в Пензе, потом переведён в Москву. Во время пребывания Иоанна в московской тюрьме 23 февраля 1920 г. Собор Латвийской православной церкви (ЛПЦ) избрал его своим предстоятелем. Латвийский Синод обратился к патриарху Тихону с просьбой отпустить Иоанна в Латвию для занятия архиерейской кафедры. 11 марта Иоанн был освобождён из тюрьмы. Патриарх Тихон направил его в Пензу для окончательного искоренения там церковной смуты. В это время Владимир Путята уже не пользовался влиянием в Пензенской епархии.