При переходе от уровня телесного к уровню психики Иоанн Апамейский рассматривает действие «благого поведения» и утверждает, что такие дары Божьи, как дар слёз, пророчества и исцеления, относятся к психическому, ибо происходят при посредстве тела. Они не суть «препятствия», как страсти, но из-за связи с телом закрывают доступ к собственно духовной области. Они могут и напрямую препятствовать духовному, если дают возможность развиться тщеславию, которое Иоанн Апамейский считает одной из самых опасных человеческих страстей. Эта страсть пользуется даже духовными дарами и может остановить всякий духовный прогресс, но целью ставит себе ценности мирские и потому легко может быть распознана. Задачей душевной брани, согласно Иоанну Апамейскому, должно стать полное упразднение тщеславия, в результате чего подвижник обретает чистоту. Наконец, духовный уровень характеризуется особым состоянием «прозрачности» (или цельности), которое наступает в результате совершенного очищения. Цельность даёт душе возможность видеть вещи «грядущего мира». Для достижения этого уровня необходима вера, а образцом такого состояния Иоанн Апамейский называет Самого Христа. Из высказываний Иоанна Апамейского исследователям не вполне ясно, существует ли дальнейший этап духовного восхождения после цельности. Они готовы увидеть его в указании на наступающие «мир и любовь», «бытие нового человека». Эта мистическая аскетика имеет некоторый спиритуалистический уклон, нередко называемый «мессалианским» (сам термин и понятие проблематичны и на сирийской почве не имеют однозначной трактовки). В. Штротман считает, что для Иоанна Апамейского крещение по своему инициатическому действию может быть заменено удалением от телесных помышлений. Иоанн Апамейский часто говорит об «истинной Церкви», которая в его концепции есть полное и совершенное (реализованное) единство ума и веры. Впрочем, Иоанн Апамейский в этих местах текста поднимается до мистических высот, так что заключения В. Штротмана исследователи считают односторонними. Особое значение Иоанн Апамейский придаёт молитве: в отдельном сочинении, опубликованном С. Броком, Иоанн Апамейский говорит, что «молчание сердца» должно выражаться в непрестанной молитве, в «памятовании о Боге». Молящийся должен не только повторять слова молитвы, но проникнуться ими.