Единство Христа объяснялось Иоанном Апамейским через образ единства человеческих слова и голоса: «Истинная общность божества и человечества во Христе» – это такая же связь, как связь «слова, которое происходит из мышления, с голосом, который происходит из тела». Согласно Иоанну Апамейскому, соединение природ не должно мыслиться как смешение элементов, например, «двух жидкостей». Это особое таинственное единение, которое исключает как слияние природ, так и возможность их разделения после соединения: «Мы не придерживаемся (учения) о таком смешении элементов, которое бывает при смешивании жидкостей, но не думаем и об обособлении или отделении..., но мы считаем Его единым Сыном Божьим»; «...мы думаем о соединении божества и человечества в одной тайне одной силы». Иоанн Апамейский особенно подчёркивает, что разделение соединённых природ невозможно: «Возникшее из слова и голоса (единое) образование мы обозначаем как одно слово, и точно так же мы считаем, что Лицо Сына Божия составлено из божества и человечества». На основании употребления Иоанном Апамейским выражения «из двух природ» и акцентирования единства Лица Христа после соединения природ В. Штротман сделал вывод о монофизитском характере его христологии. Однако позднее А. де Аллё аргументированно показал, что терминология Иоанна Апамейского свидетельствует о дохалкидонском характере его христологических воззрений (он практически не употребляет таких специфических выражений, как «воплотился»); Лавнан считал, что христология Иоанна Апамейского имеет отношение к прокирилловскому движению, развившемуся в Эдесской школе (см. ст. Богословские школы древней церкви). Аскетико-мистические воззрения Иоанна Апамейского оказали большое влияние на последующую сирийскую аскетику. Различие между телесным, душевным и духовным фундаментальное для Иоанна Апамейского. Человеческая душа находится между телесностью и духовностью (платоническая постановка вопроса о месте души). Сама по себе душа нематериальна (т.е. духовна), в этом её отличие от тела, которое материально. Поскольку она не сложена из элементов этого мира, она не подвержена изменениям, которым подвергается этот мир, пока не соединена с телом. Но, будучи с ним связана, она, по мнению Иоанна Апамейского, заключена в тело, как в гроб. Однако в тело заключил душу Бог, и это заключение не является падением. Бог поместил душу так глубоко и потаённо в теле, что сам дьявол не видит её. Будучи скрытой от дьявола, она пользуется общностью ангелов и вечной жизнью. Но дьявол имеет доступ к душе через тело.