В душе Иоанн Апамейский выделяет две части: духовный центр и периферийную зону, находящуюся в контакте с телом, особенно с сердцем и мозгом, а также с почками. Через эту зону к душе получают доступ и дьявол, и страсти. Природу человека Иоанн Апамейский характеризует как слабую, низкую, убогую. Ввиду высокого предназначения человека его нынешнее положение можно назвать несоответствующим. Иоанн Апамейский задаёт вопрос, почему Бог, предназначив человека к высшей цели, не даровал ему места в том же славном мире, что и ангелам? На это он отвечает, что, с одной стороны, низкое положение дано человеческой природе для того, чтобы она стремилась в поисках свободы к миру вышнему. С другой стороны, человек в познании восходит на новые уровни, так что сам процесс познания становится для него восхождением в надежде достичь мира невидимой благодати. Таким образом, Иоанн Апамейский выступает выразителем своеобразной сотериологии упования (или надежды), в свете которой страсти совершенно теряют силу. За время до пришествия Христа человечество воздвигло стену, мешающую душе видеть что-либо иное, кроме телесных вещей. Задача Христа состояла в уничтожении указанных средостений и открытии душе «видения запредельного мира». Христос смог открыть человеку это видение, т.к. сперва Он совершил это в Себе Самом: «Родившись в наш мир, Господь не позволил воздвигнуться перед Собой этому средостению греха, и Он преодолел его силою Своего ведения и пребывал от рождения вне его, так что через отверстие, пробитое Им, воссиял свет иного мира». Отныне каждый человек волен совершить возврат к светоносному миру, но на этом пути есть немало препятствий: козни дьявола, который действует через органы взаимодействия души с миром; страсти. Однако у человека есть могучее оружие – свобода выбора. Иоанн Апамейский различает понятие страсти как страдания и понятие страсти как движения ума. В отношении тела речь может идти об инстинкте (например, половом, или о страхе), но на уровне души можно выделять собственно страсти – гнев, гордыню, зависть. Есть и духовные страсти, или движения, – ревнование, радость, умиление – все эмоции человека. Эта классификация страстей (благие и злые) дополняется классификацией по способу возникновения. Здесь рядом оказываются гнев и ревнование, зависть и жалость. Однако даже благие страсти обращают человека к телу и мешают ему иметь общение с духом.