К неизданным относятся: комментарий на Книгу Иова, двойные трактаты о новом мире, о Троице; трактаты «Исполнение пророчеств в будущем и в новой жизни», «О страхе смертном», «Можно ли человеку быть без гордыни, превозношения и кичения?», «О здравии душевном», «О кончине мира»; изречения: первый сборник, второй сборник, «Учение о помыслах», «Почему нищие не печалятся», «Как обрести терпение в скорбях»; письма разным лицам; вопросы; молитвы; славословия; фрагменты «О страстях и совершенстве», «Как действует в человеке совершенный мир». Утраченные произведения: «О природе бесов», «О явлении Господнем», мадраши (гимны). Четыре беседы о душе и человеческих страстях, опубликованные С. Дедерингом и открывшие для науки Иоанна Апамейского, обращены к новоначальным инокам, которые прошли уровень телесной аскезы и желают следовать дальше по пути совершенствования, но изнемогают в борьбе со страстями и с помыслами. Иоанн Апамейский учит их различать страсти не только по степени пагубности, но и по их происхождению: от тела, от души, от тела и души вместе. Подробно разбираются способы борьбы со страстями. Основная задача – пройти психический этап борьбы: на этом переходном к духовному этапе борьба особенно трудна. Трактат касается и духовного этапа, в частности, состояния чистоты и внутреннего успокоения. Письма Иоанна Апамейского, опубликованные Л.Й. Ригнеллем, посвящены ряду вопросов христианской жизни. В первом письме Иоанн Апамейский отвечает на вопрос, почему, если Христос через крещение сообщает людям новую жизнь в Духе, грех не уничтожается совершенно. Иоанн Апамейский сравнивает человека с эмбрионом, который после зарождения в материнской клетке растёт и выходит в мир в теле со сформировавшимися внешними органами, способными выполнять свои функции: так и жизнь новокрещёного не момент, но длительный труд, который мало-помалу приводит его к тому, что мы суть во Христе. Духовная жизнь рассматривается Иоанном Апамейским в перспективе домостроительства спасения, которое совершается Христом в нас. В этом смысле крещение соответствует духовному этапу жизни христианина, переходу от страха наказания к свободе в добродетели. Второе письмо рассматривает психический этап – крещёный должен начать борьбу со страстями и прийти к необходимости самоотвержения. Третье письмо посвящено тому, как надо воспринимать реальности будущей жизни. Для этого Иоанн Апамейский пользуется аналогиями взаимоотношений голоса и слова, души и тела, божества и человечества во Христе. В трактатах, опубликованных Л.Й. Ригнеллем в 1960 г., рассматриваются: в первом – «оружие чистоты», в двух других – крещение. Иоанн Апамейский говорит о крещении Иоанном Предтечей, которое «вело к учреждению нашего крещения, а наше возводит к тайнам новой жизни».