В 1800 г. Академию возглавил богатый меценат Александр Сергеевич Строганов, который поднял её на новый уровень. При нём появились медальерный и реставрационный классы, в качестве вольноприходящих слушателей в академию стали допускать крепостных. Подготовленные Строгановым в 1802 г. распоряжения предусматривали коренную реформу Академии, включая устройство картинной галереи и учреждение премий, но эти планы не осуществились, кроме разве только посылки молодых художников за границу. В 1812 г. Академию художеств причислили к Министерству народного просвещения. Президентом Академии Алексеем Николаевичем Олениным (с 1817 г.) с целью оправдать своё управление «от носившихся в городе слухов» было издано «Краткое историческое сведение о состоянии Императорской академии художеств с 1764–1829 г.». При А.Н. Оленине учреждение становится бастионом эстетики академизма. Финансовое положение Академии упрочилось после её передачи в ведение Министерства императорского двора. Увеличившиеся средства позволили более регулярно отправлять пансионеров за границу, где (в Риме) было устроено для них попечительство. Воспитательное училище было в 1843 г. закрыто. В 1830 гг. Константин Андреевич Тон занялся обновлением интерьеров и спроектировал новые пышные залы – Рафаэлевский и Тициановский. Новым Уставом 30 августа (9 сентября) 1859 г. было изменено преподавание наук сообразно двум отделениям академии: одно по живописи и скульптуре, другое по архитектуре. Общие науки, на которые до тех пор обращалось мало внимания, заняли видное место в обоих отделениях. Для архитекторов введено преподавание математики, физики и химии. Также было установлено три степени звания классных художников. Получивший первую золотую медаль стал приобретать вместе со званием классного художника первой степени чин Х класса и право быть посланным за границу. Иерархия жанров, введённая французской Академией, определяла приоритеты преподавания и в России – т.е. главным считался исторический жанр. Учащиеся создавали картины на программы, сюжеты которых были взяты из достойных источников – таких произведений, как Библия, «Метаморфозы» Овидия, «Илиада» Гомера. Древнерусские полотна на раннем этапе классицизма базировались, главным образом, на трёх изданиях – «Синопсис, или Краткое описание от различных летописцев о начале славенскаго народа, о первых киевских князех и о житиии… великого князя Владимира… и о его наследниках… до… царя… Феодора Алексиевича…» (пятое издание, 1762 г.), «Древняя российская история…» Михаила Васильевича Ломоносова (1766 г.), «История российская…» Михаила Михайловича Щербатова (1770–1771 гг.).