Исследователи отмечают отразившуюся в «Наказании» заботу Геннадия Костромского и Любимоградскго о монастырских крестьянах: преподобный призывает монастырских слуг «насильством не обидети» крестьян, а «такоже и ложных словес» на них «игумену или старцем не износити». Геннадий Костромской и Любимоградский был погребён в Спасо-Преображенском соборе обители. Вскоре после кончины началось его почитание. В 1584–1586 гг. игумен Преображенского монастыря Алексий, ученик и преемник Геннадия Костромского и Любимоградского, написал Житие преподобного, содержащее описание 19 прижизненных и посмертных чудес (исследователи предполагают, что в 1580 гг. была составлена служба ему). Летом 1644 г. в монастыре был разобран деревянный Преображенский собор, и на его месте начата постройка каменной церкви. 19 августа в ходе работ произошло обретение мощей Геннадия Костромского и Любимоградского, о чём была составлена Повесть с описанием двух чудес. В том же году по благословению патриарха Иосифа состоялось прославление Геннадия Костромского и Любимоградского к общецерковному почитанию. В 1647 г., после освящения Преображенского собора, гроб с мощами преподобного внесли в храм и установили в Благовещенском приделе; скорее всего, как полагают исследователи, в XVIII в. мощи на том же месте были погребены под спуд. По мнению исследователей, в середине 1640 гг. в Костромском кремле был возведён каменный храм во имя преподобного (сильно пострадавший во время пожара в 1773 г., храм впоследствии не был восстановлен). К концу XVII в. основанный Корнилием Комельским и Геннадием Костромским и Любимоградским монастырь назывался Спасо-Геннадиевым. Житие Геннадия Костромского и Любимоградского вошло в Четьи-Мине Германа (Тулупова; 1627–1632 гг.) и Иоанна Милютина (1646–1654 гг.), составленная на основе Жития проложная память включена в печатный Пролог (начиная с издания 1661 г.). В XVII–XVIII вв. Житие Геннадия Костромского и Любимоградского активно переписывалось (большинство сохранившихся списков датируются XVIII в.), к этому периоду исследователи относят несколько редакций и переработок текста. Геннадий Костромской и Любимоградский вместе с Корнилием Комельским упоминается в «Похвальном слове русским преподобным» соловецкого монаха Сергия (Шелонина; 1640 гг.; «Труды отдела древнерусской литературы», том 53). Имя Геннадии Костромского и Любимоградского включено в Месяцеслов Симона (Азарьина) (Российская государственная библиотека. Московская духовна академия, 1650 гг.). В 1777 г. правобережье реки Костромы, с XV в. входившее в состав Костромского уезда, вместе со Спасо-Геннадиевым монастырём отошло Ярославскому наместничеству, в 1796 г. вошло в состав Любимского уезда Ярославской губернии.