Тогда Корнилий Комельский, возвращаясь в Комельский монастырь, благословил Геннадия Костромского и Любимоградского остаться в Сурской пустыни. Иначе описывает уход Корнилия Костромского и Любимоградского из Сурской пустыни его Житие. Оно рассказывает о том, что в 1530 г., вскоре после рождения у великого князя наследника – будущего царя Ивана IV Васильевича, Корнилий Костромской и Любимоградский пришёл в Москву за разрешением построить храм в Сурской пустыни. Великий князь пригласил его благословить великую княгиню и наследника, разрешение на строительство не дал и «понуди» вернуться во Введенский монастырь. Вскоре после ухода преподобного Корнилия Комельского Геннадий Костромской и Любимоградский с братией построили в пустыни деревянный (летний) храм в честь Преображения Господня. По свидетельству Жития, средства на строительство пожаловал великий князь. Исследователи полагают, что Василий III Иванович предоставил монастырю также налоговые льготы – известна тарханная и несудимая грамота царя Ивана IV Васильевича, данная Геннадию Костромскому и Любимоградскому в 1547/1548 гг. (Российский государственный архив древних актов), в которой упоминается аналогичная более ранняя, утраченная грамота. Вскоре был построен второй (зимний) храм – во имя Сергия Радонежского. Исследователи полагают, что при устроении пустыни Геннадий Костромской и Любимоградский получал помощь из костромского Ипатьевского во имя Святой Троицы мужского монастыря. Будучи настоятелем обители, Геннадий Костромской и Любимоградский наравне с другими иноками работал в поварне, колол дрова и разносил их по кельям, копал колодцы и пруды, пёк просфоры, писал иконы; подвизаясь, носил на теле железные вериги «и кресты железныя, тяжкие чепи». Согласно Житию, Геннадий Костромской и Любимоградский всюду ходил пешком. Преподобный имел дар прозорливости. В начале 1540 гг., находясь по делам обители в Москве, он посетил дом боярина Романа Юрьевича Захарьина (родоначальника династии Романовых) и предсказал его дочери Анастасии, тогда ещё девочке, что она будет царицей. Это предсказание сбылось в 1547 г., когда Анастасия Романовна вышла замуж за Ивана IV Васильевича. В 1549 г. «старець Генадий Сарарайскые пустыни» стал крестным отцом царевны Анны, дочери Ивана IV Васильевича Грозного («Полное собрание русских летописей», том 13). Геннадий Костромской и Любимоградский является автором «Наказания и поучения», адресованного помимо братии Преображенского монастыря также игумену Ипатиевского монастыря Вассиану (будучи неграмотным, он продиктовал поучение перед кончиной, позднее оно было включено в его Житие).