Запрещались какие бы то ни было преследования на религиозной почве, повсеместно протестантам гарантировались свободное вероисповедание и гражданские права, аннулировались конфессиональные ограничения при приёме на государственную службу, отменялся контроль католических епископов над другими конфессиями. Запрещалось требовать от протестантов такой присяги, которая была бы несовместима с их убеждениями. Было возвращено право самостоятельного созыва Соборов (с условием участия в них католического наблюдателя), восстановлено церковноприходское самоуправление, сняты запреты на деятельность протестантских пасторов, проповедников и учителей. Был положен конец насильственному обращению людей в католичество. В течение 1780 гг. количество церковных зданий выросло с 272 до 758. Указ о терпимости вступил в силу в 1791 г., при императоре Леопольде II, на съезде Государственного собрания, обеспечив, таким образом, значительную свободу вероисповедания для протестантов в Венгрии. После этого начали восстанавливаться протестантские образовательные структуры и типографии. Многонациональный состав лютеран (венгры, словаки и немцы) в 1820 гг. стал одной из причин разногласий внутри церковной организации. Также причиной отсутствия единства среди лютеран было противостояние двух лагерей, которые по-разному определяли задачи церкви в условиях господствовавшего в то время либерализма. Одни призывали к проведению всесторонних реформ, включая коррекцию определённых богословских положений ради сближения с кальвинизмом и возможного создания совместной церковной организации, другие требовали неукоснительного соблюдения конфессиональных традиций. Протестанты приняли активное участие в революционных событиях 1848–1849 гг. Основные требования восставших в религиозной сфере сводились к полному уравниванию в правах с католиками представителей всех конфессий (лютеран, кальвинистов, унитариев и православных). Многие предводители восстания были лютеранами, в том числе Лайош Кошут и Шандор Петёфи. Поражение революции привело к полной утрате свобод, обретённых в конце XVIII в. Лютеранская церковь понесла огромные потери в результате массовых казней и гонений, проводимых австрийской властью после подавления восстания. Инициатором репрессивных мер стал министр внутренних дел Австрийской империи Александр Бах. Указом от февраля 1850 г. было ликвидировано суперинтендантство, лютеранским общинам было запрещено выбирать пасторов, многие епископы попали под запрет, на их место были назначены те, кто устраивали австрийскую власть, в школах как обязательный был введён немецкий язык.