После 1854 г. напряжение спало, однако в 1859 г. был принят новый законопроект, так называемый Протестантский патент (Protestants Patents), цель которого была добиться от протестантских конфессий принятия проекта церковной конституции, полностью лишавшей их самоуправления. Мнения внутри церкви разделились, и в результате из 559 лютеранских приходов 336 отказались подписать документ, 223 решили пойти на компромисс. Однако в 1860 г. под давлением протестантской общественности, а также по настоятельному требованию многих влиятельных лиц, сумевших заручиться поддержкой Великобритании и Германии, законопроект был отозван. Жизнь протестантских конфессий вновь стала регулироваться законом 1791 г. В так называемую эпоху дуализма, после заключения соглашения с Габсбургами и образования Австро-Венгрии, условия существования лютеран, практически приравненных по статусу к католикам, стали благоприятными. Однако это выявило ряд серьёзных проблем. Стало набирать силу движение этнических словаков за получение ими прав на определённое самоуправление внутри церкви. Для лютеран было чрезвычайно важно решить канонический вопрос о смешанных браках, т.к. католическая церковь по-прежнему продолжала практику крещения в католическую веру детей из подобных семей. В результате этот вопрос был урегулирован лишь весной 1894 г., когда Министерством культов империи в числе прочих был принят закон о гражданских браках и гражданском ведении метрических книг. На Соборах Евангелическо-лютеранской церкви Венгрии в 1891–1894 гг. был разработан и принят устав церкви. С конца XIX в. стало резко сокращаться количество лютеран из-за массовой эмиграции населения в США из северных и северо-восточных территорий Австро-Венгрии, т.е. из тех мест, где лютеранство было широко распространено. Параллельно с этим число людей, принадлежавших к традиционным конфессиям, снижалось из-за роста популярности сект. После социалистической революции 1919 г. и периода пролетарской диктатуры появился ряд антиклерикальных законов, однако их не удалось воплотить в жизнь. В 1920 г., после распада Австро-Венгрии и заключения Трианонских соглашений, Евангелическо-лютеранская церковь Венгрии потеряла огромное количество приходов, из которых были созданы независимые церкви в новообразованных государствах – в Чехословакии, Югославии и Румынии. Таким образом, количество лютеран в Венгрии сократилось.