В результате было принято три документа: исповедание пяти свободных королевских городов Северной Венгрии 1549 г. (Confessio Pentapolitana), исповедание семи шахтёрских городов 1559 г. (Confessio Heptapolitana) и Сепешское исповедание 1569 г. (Confessio Scepusiana). Все эти акты, написанные на латыни, строго выдержаны в духе идей Филиппа Меланхтона и М. Лютера с учётом особенности местных условий. Исследователи отмечают, что документы не были направлены на борьбу с католицизмом, а противостояли кальвинизму и прочим отступлениям от учения М. Лютера. В ходе Контрреформации силами Ордена иезуитов, начавшего свою деятельность в королевской части Венгрии в 1560 гг., а в 1580 гг. обосновавшегося и в Трансильвании, католицизм смог частично вернуть утраченные позиции. Неоднократные войны венгерских протестантов (в первую очередь, в Трансильвании) за свободу вероисповедания привели к заключению с властью соглашений, подписанных в 1606 г. в Вене и в 1647 г. в Линце. Тем не менее, многие деятели венгерского протестантизма считали, что выгоднее искать союз с Османской империей, чем подчиняться Габсбургам. Это приводило к массовому участию протестантов во всех антигабсбургских революционных движениях. В течение длительного правления императора Леопольда I (1657–1705 гг.) репрессии против протестантов усилились, особенно во время так называемого траурного десятилетия, начавшегося после неудавшейся попытки государственного переворота в 1671 г. Основные судебные процессы проходили в 1672 г. в Надьсомбате (ныне Трнава, Словакия), в 1673 г. в Пожони (ныне Братислава), в 1674 г. в Сепешварайе (ныне Спишске-Подградье, Словакия). Самым крупным стал второй пожоньский процесс осенью 1674 г., на котором 284 лютеранина и 52 кальвиниста были приговорены к смерти. В ходе процесса подсудимых заставляли или отречься от своих взглядов, или подписать определённые обязательства о прекращении проповеди протестантизма. Тем, кто соглашались это сделать, приговор был заменён ссылкой или тюремным заключением. Многие, не выдержав пыток, скончались в ходе судебного процесса. 42 человека (18 лютеран и 24 кальвиниста) не подписали никаких отречений. По ходатайству нидерландского и шведского послов в Вене смертная казнь им была заменена галерным рабством. При трансильванских воеводах Имре Тёкёли и Ференца Ракоци II, проводивших антиавстрийскую политику, на подвластных им территориях для евангелической церкви сложились благоприятные условия: были возвращены отнятые при Леопольде I церкви и школы, был построен Евангелическо-лютеранский университет в городе Эперьеш (ныне Прешов, Словакия).