В 1707 г. на Соборе в городе Рожахедь (ныне Ружомберок, Словакия) решались некоторые организационные вопросы: церковь, объединив в единую структуру лютеран, проживавших на всех венгерских территориях, которые вошли в состав империи Габсбургов, была разделена на четыре епархии. Однако после подавления восстания Ф. Ракоци в 1711 г. австрийская государственная власть заняла по отношению к лютеранам, как и к прочим протестантам, непримиримую позицию. В правление императора Карла VI (Карл III Венгерский, 1711–1740 гг.) давление на протестантские организации стало таким же сильным, как при Леопольде I. Все решения Рожахедьского собора были аннулированы, Соборы разрешалось созывать только с санкции императора. Указом Карла VI от 1731 г. (Carolina Resolutio I) у лютеран было отнято право распоряжаться своими приходами; все вопросы церковноприходской жизни решал помещик, на земле которого стояла церковь. В результате в огромном количестве поселений здания кирх были отданы костёлам, школы закрыты, конфисковано имущество общин, пасторы и наиболее активные миряне изгнаны. Вся литература, издаваемая протестантами, подвергалась жёсткой цензуре, количество лютеранских книг резко уменьшилось. Был введён закон о контролировании протестантских приходов католическими епископами. Смешанные браки дозволялись лишь с благословения католического епископа, дети от таких браков становились католиками. Хотя второй указ Карла VI, изданный в 1734 г. (Carolina Resolutio II), подтверждал существование четырёх лютеранских епархий-суперинтенданций, каждую епархию возглавляли епископ и суперинтендант (инспектор), избираемый из знатных мирян дворянского рода, в ведении которого были организационные, финансовые, хозяйственные и другие практические вопросы. Функционирование иерархической системы строго контролировалось императором. В правление императрицы Марии Терезии (1740–1780 гг.) гонения продолжались, хотя и не в такой открытой форме, как раньше. Католическими властями проводилась активная работа по обращению протестантского населения в католичество. Под влиянием религиозных процессов в Германии в лютеранскую церковь стали проникать идеи пиетизма как реакция на появление в лютеранстве ортодоксальных и рационалистических течений. Самыми известными деятелями венгерского пиетизма были М. Ач, А. Торкош, М. Вашони и М. Бел. Улучшение положения некатолического населения, в том числе лютеран, наступило при императоре Иосифе II (1780–1790 гг.), который проводил политику просвещённого абсолютизма. В ответ на совместную жалобу, поданную протестантскими организациями, в которой описывались страдания, перенесённые протестантами за годы правления предыдущих императоров, Иосиф II в 1781 г. издал так называемый Указ о терпимости (Edictum Tolerantiae).