В период руководства страной Никитой  Сергеевичем Хрущёвым (1953–1964 гг.) начался новый этап гонений на верующих, связанный с планами построения коммунизма в СССР. Регистрация верующих в Акмолинске дала импульс для основания других общин. Вместе с пастором Бахманом работали проповедники А. Пфайффер и И. Шлюндт. При отсутствии пасторов богослужения совершали простые верующие. В 1965–1967 гг. были зарегистрированы общины в Томске и Новосибирске. К концу 1960 гг. в Омске существовало семь домашних кружков. В 1970 г. община города, во главе которой стоял Н. Шнайдер, купила молитвенный дом, в 1972 г. официально зарегистрировалась. В 1967–1970 гг. были официально зарегистрированы община в Караганде, состоявшая ранее из 24 домашних кружков, в 1968 г. – в Токмаке (Киргизия), в 1971 г. – в Прохладном (Кабардино-Балкария), в 1976 г. – в Душанбе, причём последняя существовала уже 20 лет. С 1964 по 1975 гг. в стране было официально зарегистрировано около 20 лютеранских общин. В середине 1970 гг. в Киргизии насчитывалось две зарегистрированные и 57 незарегистрированных общин, общины появились в Узбекистане (Ташкент, Чирчик, Фергана, Ангрен, Газалкент). Число прихожан постоянно возрастало. Так, община в Караганде была самой большой среди вновь зарегистрированных и насчитывала в 1979 г. 2,8 тыс. официальных членов. Община в Алма-Ате возросла с 1977 по 1979 гг. с 600 до 1051 человек. В 1980 гг. в Алма-Ате и её окрестностях существовало десять общин по 200-300 человек, из них четыре имели ординированных пасторов. В общине Душанбе с 1975 по 1987 гг. было крещено 1496 человек (1431 ребёнок и 65 взрослых). Долго отказывали в регистрации общине в городе Курган-Тюбе, в 100 км южнее Душанбе, но в 1985 г. регистрацию разрешили. Благодаря посредничеству председателя Христианско-демократического союза в ГДР О. Нушке лютеранская община получила в подарок от немецких лютеран орган и предметы церковной утвари, необходимые для проведения богослужений. После этого на протяжении ряда лет из-за осложнившихся отношений СССР и ФРГ такого рода помощь оказывалась в ограниченном масштабе. Так, пробст Эберхард Шрёдер, будучи генеральным секретарём благотворительной организации Союз Густава Адольфа в Лейпциге, смог провести в Целинограде перепись лютеранских братских общин. Большое значение для легализации общин и возрождения единой церкви имели инициативы Всемирной лютеранской федерации, которая в 1964 г. направила в СССР первую делегацию под руководством генерального секретаря К. Шмидта-Клаузена. Наряду с развитием отношений с тремя прибалтийскими лютеранскими церквами постоянное внимание уделялось налаживанию контактов с рассеянными лютеранскими общинами Сибири и Средней Азии. В дальнейшем особую заботу о расширении таких контактов проявлял европейский секретарь Всемирной лютеранской федерации датский пастор Пауль Хансен. Во время его интенсивных переговоров с Советом по делам религий было получено разрешение на ввоз в СССР несколько тысяч экземпляров Библии на немецком языке и другой духовной литературы. С переговорами в Москве совмещались первые официальные посещения делегациями Всемирной лютеранской федерации лютеранских общин (1976, 1977, 1978 гг.).