В Таджикистане вследствие массовой эмиграции немцев осталась лишь одна община. 23 апреля 1994 г. на синоде в Киргизии Иоганн Хасс был избран пробстом, представителем Среднеазиатской епархии в Епископском совете стал пастор Редер. Постепенно была подготовлена почва для созыва Генерального синода. На заседании Епископского совета и Консистории, проходившем с 3 по 5 мая 1994 г. в Москве, Х. Калныньш заявил о своей отставке с поста епископа. Генеральный синод проходил с 26 по 29 сентября 1994 г. в Санкт-Петербурге. Важнейшими вопросами были утверждение Устава церкви и избрание нового епископа, которым стал заместитель Х. Калныньша Кречмар. Его введение в должность происходило на синоде в церкви апостолов Петра и Павла (с апреля 1994 г. здесь размещается епископская канцелярия и бюро пробства Санкт-Петербургского региона). Постоянные изменения в правовом статусе республик и областей в распадавшемся СССР приводили к переработке текста устава, одобренного 18 ноября 1992 г. Епископским советом, Консисторией и собранием пробств и 22 апреля 1993 г. зарегистрированного в Министерстве юстиции РФ. Первоначально для церкви было выбрано название Немецкая евангелическо-лютеранская церковь в Советском Союзе (Deutsche Evangelische-Lutherische Kirche in der Sovjetunion). Но после распада СССР в конце 1991 г. его сменили на Немецкая евангелическо-лютеранская церковь в республиках Востока, но Министерство юстиции РФ его не утвердило. Тогда было решено вернуться к названию Евангелическо-лютеранская церковь в России с добавлением названия независимых республик. В феврале 1990 г. делегация церкви во главе с епископом Х. Калныньшем впервые приняла участие в Генеральной ассамблее Всемирной лютеранской федерации в Куритибе (Бразилия). Осенью 1989 г. начал работать теологический семинар – 14-дневные курсы, проводившиеся два раза в год. Семинар давал необходимые богословские знания, в том числе и проповедникам, которые уже служили в общинах. 26 сентября 1998 г. было освящено здание семинарии в Новосаратовке (обучение с апреля 1997 г.). Ректором семинарии был назначен пастор Штефан Редер (с 13 ноября 2007 г. – Антон Тихомиров). Основной задачей семинарии является подготовка пасторов для работы в общинах Евангелическо-лютеранской церкви (открыты очное и заочное отделения; работают курсы углубленного изучения теологии). Второй Генеральный синод проходил 25–28 мая 1998 г. в Санкт-Петербурге. На заседаниях присутствовали 84 делегата и более 50 гостей. Были образованы четыре рабочие комиссии (литургическая, финансовая, по вопросам устава, по духовным проблемам), которые определили деятельность лютеранской церкви в России в новых условиях. Необходимо было принять новую агенду как единую литургическую основу для всех общин, рассмотреть замечания и дополнения к проекту устава (в связи с принятием 1 октября 1997 г. Закона РФ «О религиозных объединениях»). На синоде были приняты новый устав церкви и Внутрицерковный устав, а также новая структура церкви, состоящей из юридически независимых региональных церквей во главе с епископами под общим руководством архиепископа; епархии в независимых республиках являются самостоятельно зарегистрированными церковными организациями.