В 1980 г. в Таллинне состоялась Европейская конференция Всемирной лютеранской федерации, на которой рижский пастор Харальд Калныньш (с разрешения Совета по делам религий) был провозглашён суперинтендантом немецких лютеранских общин в Советском Союзе и введён в служение Латвийским архиепископом Янисом Матулисом. После смерти пастора Пфайффера (1972 г.) и эмиграции пасторов Бахмана и Шлюндта (1973 г.) Харальд Калныньш получил возможность время от времени посещать лютеранские общины. Во второй половине 1980 гг. в СССР произошли существенные изменения во взаимоотношениях церкви и государства. Начался период воссоздания церковных структур, возрождения религиозных общин и обретения веры в Бога большинством населения страны. Общее число лютеран в СССР в 1980 гг., по данным Всемирной лютеранской федерации, составляло 250 тыс. человек. В 1980–1981 гг. в стране насчитывалось 150 зарегистрированных общин, в 1983–1984 гг. их было уже 180. 3 ноября 1988 г. в Риге суперинтендант Харальд Калныньш был назначен епископом Немецкой евангелическо-лютеранской церкви в Советском Союзе (до 1995 г. канцелярия епископа находилась в Риге). Никаких организационных структур не существовало. В 1990 г. на основе церковного устава, принятого первым Генеральным синодом 1924 г., был разработан новый устав. Для руководства церковью были образованы Епископский совет и Консистория. Руководящими органами отдельных церковных провинций, названных, как и в православной церкви, епархиями, должны были стать Президиумы епархиальных синодов. Создание руководящих структур началось в 1992 г. с проведения ежегодных собраний пробств под руководством Х. Калныньша (1989 г. – в Караганде, 1990 г. – в Целинограде, 1991 г. – в Омске, 1992 г. – в Риге). Собрание пробств в Целинограде обратилось к епископу с просьбой о создании (временной) Консистории церкви. Она впервые была созвана 20 ноября 1990 г. в Риге, впоследствии её заседания проводились дважды в год. 1 февраля 1992 г. на заседании первого синода Украины в Киеве суперинтендантом был избран Виктор Грефенштейн из Казахстана. 13 мая 1992 г. синод, состоявшийся в Омске, избрал суперинтендантом пробста Николая Шнайдера. 14 мая 1992 г. были назначены два епископских визитатора (духовные руководители епархий, которые постоянно живут в Германии): епископ (на пенсии) Мекленбурга Генрих Ратке был определён для визитации Казахстана, пастор Зигфрид Шпрингер из Ганновера – для европейской части России. Заместитель епископа Х. Калныньша стал профессор Георг Кречмар из Мюнхена. Так возник Епископский совет, заседания которого в дальнейшем проходили совместно с заседаниями Консистории. Учредительное заседание синода Казахстанской епархии 8 мая 1993 г. избрало суперинтендантом пастора Рихарда Кратца. Его преемником с титулом епископа в июне 1996 г. стал бывший кокчетавский пробст Роберт Мозер. На первом синоде епархии европейской части России, проходившем с 30 июля по 1 августа 1993 г. в Москве, визитатором был избран пастор Шпрингер. В ноябре 1992 г. пастор Штефан Редер из Германии был уполномочен Епископским советом на то, чтобы посетить общины в Средней Азии и обсудить с верующими духовные и организационные вопросы. Он много сделал для развития общин в Узбекистане и Киргизии.