В 1751 г. в Евфимиев монастырь сослали «безумствующего» отставного прапорщика И.Д. Кулпина, в 1759 г. «под крепким караулом» содержался «оказавшийся в помешательстве ума» драгун Н. Рагозин, которого разместили в особом помещении водяной башни. Указом Святейшего Синода от 7 ноября 1766 г. в обители была учреждена особая тюремная крепость, и разработана инструкция о порядке содержания заключенных. Настоятель Евфимиева монастыря одновременно являлся командиром военного отряда, охранявшего заключённых, и начальником арестантского отделения. Арестанты размещались в больничных кельях каменного двухэтажного корпуса при церкви Николая Чудотворца и в других помещениях. С 1826 г. под арестантское отделение приспособили келейные корпуса XVIII в., отделённые оградой от остальной территории монастыря. Крепость была обнесена каменной оградой. В 1889 г. в одном из арестантских флигелей для заключённых была освящена церковь в честь Корсунской иконы Божьей Матери. В 1766–1800 гг. в крепость было прислано 63 человека, в том числе архимандрит, два игумена, иеромонах, священник, в 1801–1905 гг. – около 325 человек, в том числе около 130 церковно- и священнослужителей. В тюрьме Евфимиева монастыря находились с 1807 г. граф К. Разумовский «для исправления наипаче в отношениях религиозных», в 1809–1811 гг. – Апамейский митрополит Паисий, игумен Израиль и иеромонах Досифей, утверждавшие «в умопомрачении, что наступило уже тысячелетнее царство Мессии на земле, что игумен Израиль и есть сошедший на землю Сын Божий», с 1815 г. иеромонах Ириней, который отказывался почитать Богородицу, выкалывал на ликах икон Божьей Матери глаза, осквернял богослужебные книги и др. С августа 1826 г. в тюрьме «на смирении» находился монах Авель Прорицатель (ум. в 1831 г.), похороненный на монастырском кладбище. Среди сосланных в Евфимиев монастырь за политические преступления были священник З. Васильев, отказавшийся присягать императору Николаю I, клирик Минской епархии священник Н. Моров, в 1863 г. подстрекавший паству к мятежу, священник Померанцев – «за неправильное толкование» крестьянам Манифеста об освобождении крестьян (19 февраля 1861 г.), священник Георгадзе – за участие в Имеретинском бунте. Во второй половине XIX в. в тюрьме содержались старообрядческие архиереи Аркадий Славский, Алимпий Тульчинский, Конон Новозыбковский, Геннадий Пермский. В крепости монастыря находились в заключении основатели сект: скопческой – К. Селиванов, трезвенников – «братчик» И. Чуриков, «стефановщиков» («подгорновщиков») – Стефан Подгорный (впоследствии инок Евфимиева монастыря), сектанты, в том числе прыгуны, молокане, субботники, сторонники штундизма. В 1905 г. тюрьма была упразднена, заключённые отпущены на свободу, к 1917 г. камеры были пусты. Наиболее ранние сведения о финансовом состоянии монастыря содержатся в краткой редакции Жития Евфимия: ктитор князь Борис Константинович пожаловал «много злата и сребра на строение обители тоя, и на съграждение келиам, и на иныя нужныя храмы, на упокоение иноческому жительству».