В писцовой книге Суздаля конца 1620 гг. указаны 20 братских келий, больничная келья, житный и конюшенный дворы, пивоварня за острогом у «водяных» ворот на берегу реки Каменки. Согласно Описной книге 1660 г., кроме хозяйственных палаток при храмах и колокольне находились каменные архимандритская и гостиная кельи, деревянные «двойная» архимандритская, 14 братских и две больничные кельи, «казённая каменная палата», в которой хранились ценные серебряные кубки, ковши, братины, каменные хлебня, приспешня, хлебодарня, мучная палатка, поварня, погреб, ледники. В обители были построены житный двор (с девятью житницами, каменным овином и солодовней), две кузницы. Под монастырём располагались конюшенный двор, квасная поварня, большой деревянный амбар. К началу XX в. в Евфимиевом монастыре были каменные двухэтажный архимандритский корпус с крытой галереей (вторая половина XVIII в., перестроен в XIX в.), двухэтажный братский корпус с 26 кельями (вторая половина 1830 гг.), больничный корпус при Никольской церкви, конюшня, скотный двор, сторожка при входных вратах, монастырский огород, настоятельский сад, за особой оградой – корпус, в котором размещались арестанты. Между собором и Благовещенской церковью располагались английский сад с цветочными клумбами, аллеями и уникальным бассейном (1876 г.), обнесённый семью колоннами, поддерживающими балдахин, увенчанный крестом. В дни храмовых праздников бассейн использовался как водосвятная чаша. За оградой находились двухэтажный деревянный на каменном фундаменте дом для богомольцев, двухэтажное здание церковноприходской школы. Наиболее ранний фрагмент надгробной плиты, найденный во время раскопок близ Преображенского собора, датируется 1512 г. В документе 1527 г. упоминается захоронение в Евфимиевом монастыре князя И.С. Пожарского. Первые сведения о родовой усыпальнице князей Пожарских-Хованских содержатся в так называемом Новом летописце. Под 1612 г. сообщается, что князь Д.М. Пожарский, направлявшийся с ополчением из Ярославля «на очищение Московского государства», посетил Суздаль, чтобы «помолиться Всемилостивому Спасу и к чудотворцу Евфимию и у родительских гробов проститца». Однако, судя по сохранившимся текстам надписей на надгробных плитах отца и матери Д.М. Пожарского, первые захоронения появились не позднее второй половины XVI в. В Описной книге 1660 г. упоминаются иконы и покровы «из полатки от родителей» князей Ивана Никитича Хованского и Ивана Дмитриевича Пожарского. В XVII – первой половине XVIII вв. двухъярусная палатка-усыпальница располагалась рядом с алтарём Евфимиева придела Преображенского собора. Под полом находился склеп с захоронениями, наверху – ризница. В 1765/1766 г., при архимандрите Ефреме, обветшавшая палатка была разобрана, надгробные плиты использованы при ремонте монастырской стены (в 1988 г. плиты были извлечены из стены и переданы во Владимиро-Суздальский музей-заповедник). После посещения 16 августа 1850 г. Евфимиева монастыря великими князьями Николаем Николаевичем и Михаилом Николаевичем Романовыми начались работы по установлению места погребения князя Д.М. Пожарского и устройству часовни.