Основной комплекс материалов XVII – начала XX в. (РГАДА) состоит из общей документации: грамот, памятей из приказов Большого дворца, Монастырского и др., указов Синода, Суздальской и Владимирской духовных консисторий, Коллегии экономии и др. Значительную часть фонда составляют хозяйственные материалы, переписка настоятелей с приказчиками и посельскими старцами в Алаторском, Владимирском, Верхнеломовском, Гороховецком, Казанском, Московском уездах (в том числе по подворью в Москве), Нижегородском, Пензенском, Суздальском, Тверском, Угличском, Шацком и Юрьевском уездах. Особую ценность представляют описи монастырского имущества 1610, 1660, 1758 гг. и др. Данные о внутримонастырской жизни содержатся в документах по личному составу братии, в именных и послужных списках монашествующих и бельцов, в делах о пострижении и рукоположении в сан. Информация, особенно за первую половину XVIII в., содержится в делах о состоянии приписных обителей, за XIX – начало XX вв. – в отчётах благочинного суздальских монастырей. Положение крестьян в монастырских вотчинах зафиксировано в росписях крестьян, рекрутов и работных людей, в делах о сыске беглых. В архиве сохранились судебные дела духовенства, монашествующих, крестьян и служителей XVII–XVIII вв., есть дела о положении заключённых в арестантском отделении, большое количество материала по истории строительства и о состоянии святынь, памятников архитектуры и искусства. Часть архива Евфимиева монастыря, хранящаяся в Государственном архиве Владимирской области, состоит преимущественно из документов по истории монастырской тюрьмы. Указом Владимирской духовной консистории от 18 июля 1900 г. и определением епархиального училищного совета от 2 августа того же года в братской трапезной Евфимиева монастыря была открыта одноклассная церковноприходская школа имени князя Д.М. Пожарского, преобразованная в 1902 г. в двухклассную. При школе имелось общежитие. К 1909 г. на средства благотворителя Н.В. Кормилицина вне стен обители был приобретён участок земли и построено двухэтажное здание школы; на его же средства содержались проживавшие в общежитии учащиеся. 24 мая 1902 г. Святейший Синод утвердил настоятеля Евфимиева монастыря архимандрита Серафима (Чичагова) в звании почётного попечителя четырёх церковноприходских школ Суздальского благочиннического округа «за особую ревность в распространении народного образования в духе Православной Церкви». Со второй половины XVII в. Евфимиев монастырь становится местом ссылки и заключения осуждённых за религиозные преступления. Так, с 1692 по 1708 гг. в монастыре находился сосланный епископ Тамбовский и Козловский Леонтий, которому по распоряжению Суздальского митрополита Илариона полагалась трапеза, а также выплачивалось по 1 руб. в месяц. В 1729 г. в Евфимиев монастырь были помещены обвинённый в «безнравственных деяниях» настоятель Золотниковской в честь Успения Пресвятой Богородицы пустыни игумен Иосиф и дьякон села Даниловского, «явившийся в подозрении волшебном». Присланный в 1737 г. из Тайной канцелярии отставной капрал Пермского драгунского полка И. Беляков был поселён в хлебной монастырской келье.