Именно поэтому Г.В.Ф. Гегель считал, что его философия значительно ближе к позитивной религии и к церковному учению, чем рациональная теология и рациональное истолкование Священного Писания. Вместе с тем его не устраивал кантовский агностицизм, согласно которому человеческое познание ограничено миром явлений. Гегелевская позиция по отношению к естественной теологии уточняется в «Лекциях о доказательстве бытия Бога»: здесь подчёркивается (в противоположность И. Канту, Ф. Шеллингу и протестантской философии «непосредственной веры»), что из недостаточности её установок не следует ложность её позиций. Методология естественной теологии складывается из трёх ходов: разработка рассудочного понятия Бога, основывающегося на непротиворечивости, которое ведёт к Его возможности, далее утверждение существования Бога из Его понятия и, наконец, «обогащение» этой простой абстракции рассуждением о свойствах Бога и Его связях с миром, при котором свойства на деле не выходят за определение самого понятия. Хотя, согласно Г.В.Ф. Гегелю, этот метод заслуживает только того, чтобы от него отказаться, однако его ограниченная «аффирмативная» сторона, связанная с выяснением «всеобщей формальной природы понятия» нуждается в дальнейшем осмыслении. Начиная с середины XIX в. статус естественной теологии среди теологов Германии резко понижается. Хотя некоторые мыслители отстаивали значение таких близких ей теологических дисциплин, как «философская теология» (Ф. Шлейермахер рассматривал её как фундамент двух других основных разделов теологии – исторического и практического богословия), апологетика (Карл Рудольф Гагенбах), учение о первопринципах или основах теологии (Л. Пельт), в протестантских кругах наличествовало стремление дистанцироваться от дезавуированной И. Кантом и его последователями естественной теологии. Об этом свидетельствует и тот факт, что в многотомной теологической энциклопедии Иоганна Якоба Герцога не находится места не только для статьи под названием «естественная теология», но и для упоминания об этой области теологических исследований. Дискуссия о значении естественной теологии получила мощный стимул после появления формулировки первого Ватиканского собора (1869–1870 гг.), согласно которой Бог как источник и цель всех вещей может познаваться достоверно (сerto cognosci posse) через сотворённые вещи посредством естественного света человеческого разума (см. догматическую конституцию «Dei Filius»). При этом тот же Собор принял документы, обращённые не столько против атеистов, сколько против фидеистов (Луи Ботену, А. Бонетти и др.), которые под влиянием кантовской критики разума выступали с принципиальным отрицанием естественного богопознания. В скором времени последовала реакция со стороны протестантизма.