В предисловии к первому изданию «Религии в пределах только разума» (1793 г.) И. Кант наметил границы, разделяющие естественную теологию и богооткровенную теологию. Субъекта первой из этих дисциплин знания он и здесь называет «философским богословом», второй – «библейским богословом». По И. Канту, специалист в естественной теологии может пользоваться «в пределах одного лишь разума» любыми (языковыми, историческими и даже библейскими) материалами, но не должен вводить свои учения в корпус библейского богословия и пытаться его изменить. В тех случаях, когда он эти границы преступает, библейский богослов, особенно будучи духовным лицом, вправе указать ему на то, что он вышел за пределы компетенции своего факультета. При этом И. Кант призывал учитывать и другую крайность – двусмысленность позиции того библейского богослова, который, пользуясь «достоянием философии», настаивает на том, чтобы в религиозных делах «не иметь по возможности никакого касательства с разумом». По мнению И. Канта, «религия, которая не задумываясь, объявляет войну разуму, не сможет долго устоять против него». Исходя из этого, И. Кант рекомендовал составителям университетских программ после окончания академического изучения библейского богословия предусматривать ещё особый курс «чисто философского учения о вере». Кантовская критика традиционных доказательств бытия Божия оказала определяющее влияние на дальнейшее уточнение позиции философов и богословов по отношению к естественной теологии в XIX в. Некоторые из них развивали кантовскую критику, другие пытались восстановить значение естественной теологии с учётом позиции И. Канта, подвергая её критическому анализу. После «Речей о религии» (1799 г.) Фридриха Шлейермахера разрыв с естественной теологией стал для нескольких поколений евангелических богословов неизбежным. Карл Вильгельм Фридрих фон Шлегель в сочинении «Христианская вера» (1821–1822 гг.) настаивал на необходимости разрыва всех связей догматического богословия с естественной теологией. Фридрих Вильгельм Йозеф фон Шеллинг в мюнхенских лекциях «К истории новой философии» (1827 г.) утверждал, что уже сама последовательность трёх доказательств бытия Божия (онтологического, космологического и физико-теологического) свидетельствует о недостаточности каждого из них в отдельности. Он обнаружил недостатки и в определении атрибутов Бога: вечность, бесконечность и самосущесть не позволяют отличить Его от субстанции Бенедикта Спинозы, а переход от этих предикатов к тем, которые только и делают Бога Богом (свобода, разумность, воля, предведение и т.д.), ничем не обеспечивается. В результате ответственную за естественную теологию «школьную метафизику» Ф. Шеллинг определяет как «не научную, а просто резонирующую философию». Георг Вильгельм Фридрих Гегель в «Лекциях по философии религии» (читались с 1821 г., опубликованы в 1832 г.) также противопоставлял философию естественной теологии, которую он иногда называл «рациональной теологией эпохи Просвещения», находя в первой разумное мышление о Боге, а во второй лишь рассудочную метафизику. Естественная теология постигает Бога только как «абстракцию, т.е. пустую идеальность, которой противостоит конечное, находящееся вне её», тогда как «мыслящий разум – как конкретность, полноту содержания, идеальность, дух, любовь и триединство».