Елизавета Фёдоровна активно занималась делами милосердия, была председателем Петровского благотворительного общества в Санкт-Петербурге, Убежища для слабосильных и выздоравливающих детей, Царскосельского благотворительного общества, Первого санкт-петербургского дамского комитета Российского общества Красного Креста. В 1896 г. основала в Санкт-Петербурге Елисаветинскую общину сестёр милосердия, которую регулярно посещала, несмотря на переезд в Москву, присутствовала при освящении зданий общины и храма во имя великомученика Пантелеимона, работала с отчётами правления. Великокняжеская чета со вниманием относилась к празднованию в Москве дня великомученика Георгия, особо отмечала в этот день георгиевских кавалеров. Елизавета Фёдоровна была шефом 51-го Черниговского драгунского полка, участвовала в благотворительных базарах, в организации московских праздников цветов (первый состоялся 20 мая 1901 г.). Средства, вырученные от этих мероприятий, поступали на благотворительные нужды. Елизавета Фёдоровна являлась председателем общества помощи пострадавшим во время наводнения 1908 г. Ей принадлежит важная роль в развитии музеев, художественных, музыкальных и театральных союзов. Она участвовала в подготовительном комитете десятого археологического съезда, в организации раскопок на территории Московского Кремля, в приобретении и дарении Историческому музею различных экспонатов (древних монет, крестов, икон, старинного оружия), способствовала открытию Екатерининского, Владимирского, Суздальского и других залов музея. Елизавета Фёдоровна любила церковное пение и особенно ценила Синодальный хор, заботилась о сохранении и развитии музыкальной и театральной культуры. В течение ряда лет была попечительницей Филармонического общества. С её участием был создан приют для престарелых театральных деятелей, подготовлены съезды Театрального общества и бенефисы выдающихся актёров и т.д. Елизавета Фёдоровна помогала Строгановскому и Синодальному училищам, курсам сестёр милосердия общины Иверской иконы Божьей Матери. Открытие и освящение (18 января 1904 г.) Шелапутинских ремесленных училищ состоялось при её поддержке. 17 января 1892 г. был утверждён Устав Елисаветинского общества по оказанию помощи детям неимущих родителей, его председателем был назначен Борис Александрович Нейдгарт. В ясли, сады, приюты общества поступали дети малоимущих родителей, сироты, которые не только жили и воспитывались, но и получали профессиональное образование на средства общества. За 25 лет работы общество открыло десятки детских приютов в приходах церквей Москвы и её уездов и оказало помощь 9 тыс. детей. Испросив благословение у Московского митрополита Леонтия (Лебединского), Елизавета Фёдоровна разделила город на 11 благочиний, в которых, в свою очередь, было образовано более 200 Елисаветинских комитетов. Во главе групп поставила отцов-благочинных. При каждом столичном приходе создавались ясли и приюты. За 20 лет Елисаветинское благотворительное общество открыло 36 учреждений для призрения детей. Для награждения тех, кто в течение ряда лет самоотверженно выполняли свой долг, было принято Положение о нагрудном знаке Елисаветинского благотворительного общества, утверждённое 2 мая 1900 г.